Piégé par le Cartel, avec la complicité de T-Bag, Michael Scofield se retrouve à Sona, l'une des pires prisons du Panama. Cet établissement pénitentiaire détient les criminels les plus dangereux. A la suite d'une émeute survenue un an plus tôt, les gardiens ont préféré se retirer, laissant les prisonniers livrés à eux-mêmes. Espérant sans doute qu'ils s'entretueraient... A Sona, seule la règle du plus fort prévaut : combattre ou mourir !
Libéré des charges qui pesaient contre lui, Lincoln n'a plus besoin de se cacher. Libre, il va tout faire pour aider son frère, incarcéré à Sona. Il s'adresse au consulat américain qui parvient à arranger le transfert de Michael vers une prison plus sûre, en attendant le procès qui aura lieu dans un mois. Son contact semble assez confiant sur la situation du détenu et lui laisse entrevoir la possibilité de plaider la légitime défense.
Dès leur arrivée à Sona, Michael et Mahone assistent à un combat mortel sous une pluie battante, qui leur donne le ton de ce qui les attend. Vu les circonstances, Mahone propose à Michael d'unir leurs forces. En vain. Michael n'est pas près d'oublier que ce dernier a tué son père. Le duo ne tarde pas à être rejoint par une vieille connaissance, Bellick, l'ancien gardien de Fox River. Nu et mal en point, celui-ci recherche de l'aide et ne trouve en retour que les railleries de ses nouveaux compagnons qui n'hésitent pas à le malmener et l'humilier.
Michael ne tarde pas à faire la connaissance des autres détenus. Il s'attire la sympathie de McGrady (c'est du moins l'inscription que porte son maillot), un jeune panaméen passionné de basket et avide de trouver un jour refuge aux Etats-Unis. Et rencontre Lechero, accompagné de son homme de main Sammy, qui lui fait comprendre qu'il est le maître à Sona, et que tout désaccord se règle par un duel à mains nues jusqu'à la mort de l'un des adversaires. S'il cherche à intimider Scofield, Lechero, informé des exploits du nouveau venu, craint surtout la rivalité. C'est la raison pour laquelle il s'arrange pour que l'un des détenus provoque Scofield en duel. Contre son gré, le jeune homme est poussé dans l'arène. Etrangement, Mahone, qui le considère comme sa carte " sortie de prison ", lui donne de précieux conseils pour neutraliser efficacement son adversaire. Le combat n'étant pas mené à la loyale (l'adversaire disposant d'une arme), Mahone intervient et brise la nuque de l'homme que Michael ne peut se résoudre à tuer de sang-froid.
T-Bag, arrivé à son tour à Sona, fait montre d'une grande facilité d'adaptation. Malin, il utilise son infirmité pour attendrir Lechero et joue le lèche-bottes, en espérant devenir rapidement le dévoué du maître des lieux.
Dépité, Linclon rend visite à son frère en prison et lui annonce la mauvaise nouvelle. Le Cartel attend de Michael qu'il fasse évader un prisonnier du nom de Whistler. Pour faire pression sur lui, le groupe dispose d'un argument de taille : il détient Sara (la bien-aimée de Michael) et L.J. (le fils de Lincoln) en otage. Michael a une semaine pour faire évader ledit Whistler d'une prison où aucun détenu n'est jamais sorti vivant. Et Lincoln est sommé d'informer régulièrement Susan, son contact au sein du Cartel, de la progression des événements.
Whistler ? Serait-ce le mystérieux inconnu qui se cache de tous au sous-sol et a fait passer un message à sa petite amie à l'extérieur par l'intermédiaire de Bellick ?
