La saison s'ouvrait avec l'équipe séparée : Daisy, Jemma, Piper et Davis à la recherche de Fitz dans l'espace et Mack et May tentant de recréer l'académie du S.H.I.E.L.D. sur terre, dans une base appelée le Phare. Phil Coulson est mort, et Mack est le directeur de l'organisation. L'équilibre de la balance vrille lorsque sur Terre apparaissent plusieurs hommes arrivés par des portails magiques, dont l'un est la copie carbone du défunt Phil Coulson (il a même sa voix). Stupeurs et tremblements au sein de l'équipe.
L'intrigue de Fitz
Fitz se réveille de sa cryogénisation sur un vaisseau sur lequel se trouve aussi Enoch (un alien Chronicom). Ils sont repérés par l'équipage et réduits en esclavage, avant de prendre finalement le contrôle de l'appareil et se rendent vers Kitson, où l'équipage pourra trouver du travail. Sur place, on leur vole leur vaisseau. Fitz joue alors au casino, espérant pouvoir s'acheter un nouveau moyen de transport mais est enlevé, tout comme Daisy et sa troupe (arrivés entretemps sur Kitson) par Atarah, l'ancienne supérieure d'Enoch. Ils gardent Fitz et Simmons ensemble pour leur faire découvrir le secret du voyage dans le temps et renvoient les autres sur Terre.
Les retrouvailles entre Fitz et Simmons sont émouvantes, et le couple parvient à s'enfuir avec Enoch et revient à Kitson, où ils sont engagés par une certaine Izel. Elle recherche sur Terre les artefacts qu'ils connaissent sous le nom de Monolithes (de leur vrai nom Di'Allas). C'est à ce moment qu'Enoch les quitte après les avoir aidé une nouvelle fois. Izel infecte son équipage avec des Hurleurs (Shrike en VO, des parasites) et bientôt, il ne reste plus qu'elle et Fitz-Simmons à bord du vaisseau en route pour la Terre.
Mack, Yo-Yo et leurs agents attaquent le vaisseau, Izel s'enfuit et toute l'équipe est enfin réunie pour lutter ensemble contre Sarge.
L'intrigue de Sarge
Sarge, qui possède l'apparence et la voix de Phil Coulson, débarque sur Terre et cherche des gemmes de piézoélectricité et voyage à travers des portails magiques. Comprenant sa ressemblance avec l'ancien directeur du S.H.I.E.L.D., il exploite la faiblesse qu'elle crée chez ses adversaires. Sarge et ses hommes cherchent des humains d'apparence normale pour leur percer le coeur avec une dague, ce qui tue le parasite que ces corps renfermaient. Ce type de parasite s'appelle "Hurleur", peut détruire des populations entières, et Sarge explique qu'il est là pour les chasser.
Lorsqu'il est capturé par le S.H.I.E.L.D. lors de la mission de sauvetage de Fitz-Simmons, Sarge reconnait avoir eu des flashs de souvenirs de Phil Coulson. Les héros apprennent aussi qu'il récupère de ses blessures à très grande vitesse. Entretemps, Izel infiltre le Phare grâce à son pouvoir de possession et annonce que Sarge s'appelle Pachakutiq, qu'ils sont originaires de la même planète et qu'ils sont des êtres incorporels qui possèdent des corps. En parallèle, Fitz comprend que les trois monolithes représentent l'espace, le temps et la création. Lorsqu'ils ont explosé (voir la fin de la saison 5), leur énergie combinée à créée un nouveau Coulson et l'a emporté sur une autre planète et dans le passé.
ABC
Izel emmène Mack et Yo-Yo dans un ancien temple et entreprend de reconstruire les monolithes pour créer un portail qui permettra à son peuple d'envahir la Terre. Daisy s'allie avec May, Piper et Sarge (comprenant qu'il possède une partie de "l'âme" de Coulson), mais arrivé sur place, Sarge se range aux côtés d'Izel en blessant grièvement May ! En parallèle, des Chronicoms menés par Malachi attaquent le Phare pour prendre le contrôle de la Terre. Tout semble perdu pour les agents.
Mais c'est compter sans leur force de groupe et Mack parvient finalement à tuer Sarge/Pachakutiq tandis que May, mourante, achève Izel, ce qui clôt le portail. Alors que May va pousser son dernier souffle, Fitz parvient in extremis à la placer en stase. Mais les Chronicoms sont en passe de détruire le temple, Fitz fait donc faire à tout le monde un saut dans le passé, et l'équipe se retrouve dans les années 30. Enfin, Simmons annonce que les Chronicons restent une menace et que pour les contrer, elle a conçu un LMD (Leurre Mécanique Dupliqué) amélioré avec la technologie des Chronicons qui a l'apparence de Phil Coulson.
D'après les informations données par Simmons sur leur arrivée dans le passé (l'interdiction de boire de l'alcool) et le fait que l'Empire State Building soit bientôt terminé, l'équipe arrive à Manhattan autour de 1931 ! L'Agent Carter n'a que 10 ans, on ne la recroiserait donc pas sous son visage d'Hayley Atwell, qui la joue adulte depuis 2013.
Au sein du S.H.I.E.L.D.
La saison était marquée par des retrouvailles d'abord manquées puis confirmées entre Leo Fitz et Jemma Simmons, depuis trop longtemps séparés. Si vous avez quelques saisons de retard, leur destin et leur relation vaut la vision de la série. Mack et Yo-Yo se réconcilient enfin. May et Daisy poursuivent leur travail personnel pour se remettre du décès de Phil Coulson, malgré son "retour" via le personnage de Sarge, qui va à nouveau briser leur deuil.
ABC
Quant à Deke Shaw (petit-fils de Fitz-Simmons), il a monté un empire technologique en volant du matériel appartenant au S.H.I.E.L.D., il finit par sauver la vie de ses camarades de l'organisation et se retrouve promu Agent du S.H.I.E.L.D. A noter que May est entre la vie et la mort mais que Simmons est confiante et que Coulson est donc une fois de plus (du moins en apparence) de retour.
Les premières images de la saison 7 :
