Querelle a été présenté en 1982 en compétition au Festival de Venise, mais est reparti bredouille. Le président du jury, Marcel Carné, était pourtant un grand défenseur du film, au point d'avoir tenu à faire une déclaration lors de la remise des prix. Le cinéaste a exprimé son regret de ne pas avoir convaincu l'ensemble des membres de récompenser le film. Le Lion d'or avait été attribué à un compatriote de Rainer Werner Fassbinder, Wim Wenders, pour L'Etat des choses.
Querelle est inspiré du fameux récit de Jean Genet Querelle de Brest, publié en 1947. Les liens entre Genet et le 7ème art ne se limitent pas à ce film. L'écrivain a lui-même réalisé Un Chant d'amour, poème homosexuel tourné en 1950 mais qui sera censuré jusqu'en 1975. Il a écrit le scénario de Mademoiselle de Tony Richardson avec, déjà, Jeanne Moreau (1966). En 1966, Le Balcon donne lieu à une adaptation réalisée par Joseph Strick avec Shelley Winters et Peter Falk, Les Bonnes devient en 1975 un film avec Glenda Jackson et Susannah York. L'oeuvre de l'écrivain a inspiré Poison, le premier long métrage de Todd Haynes, et un épisode de sa vie sentimentale est évoqué dans Les Equilibristes de Nico Papatakis avec Michel Piccoli.
Le scénario de Querelle avait d'abord été proposé à Werner Schroeter, mais le projet n'a pas abouti. L'auteur de Malina souhaitait le tourner à Brest, alors que Fassbinder a opté pour une reconstitution en studio.
Tourné en mars 1982, Querelle est le dernier film de Rainer Werner Fassbinder, qui s'éteint le 10 juin 1982 des suites d'une overdose.
Héros de Querelle, Brad Davis s'était rendu célèbre grâce à son rôle dans un film qui décrit un univers viril d'un autre type, Midnight Express d' Alan Parker (1978) et sa terrible prison turque. L'acteur, qui ne tournera aucun film marquant après Querelle disparaîtra, des suites du sida, en 1991, à l'âge de 41 ans.
La première affiche du film, qui représente le marin Querelle adossé à une colonne représentant clairement un phallus, a été interdite.
Le monteur du film, avec Juliane Lorenz, n'est autre que Rainer Werner Fassbinder lui-même, sous le pseudonyme Franz Walsch. Il s'agit du nom d'un personnage interprété par le réalisateur dans plusieurs de ses films, dont L'Amour est plus froid que la mort.
Wong Kar-Wai a emprunté un passage de la musique du film (signée Peer Raben) pour 2046
Jeanne Moreau, alias Lysiane, un des rares personnages féminins du film, interprète plusieurs chansons dans le film. Les paroles de certaines d'entre elles sont empruntées à l'oeuvre de l'écrivain Oscar Wilde.
Querelle est dédié à Ben Salem, acteur et ancien amant de Rainer Werner Fassbinder. Emprisonné en France pour avoir tué trois personnes à Berlin, Ben Salem s'est suicidé dans sa cellule en 1982 alors que Fassbinder était en plein montage de son film.