X-Men 3 n'est pas le long métrage Marvel le plus apprécié. Mais malgré ses notes AlloCiné assez moyennes (3,3 sur 5 pour les spectateurs et 2,9 pour la presse), X-Men l'affrontement final a tout de même rapporté 460,4 millions de dollars dans le monde.
C'est peu de dire que personne ne voulait le faire puisque Bryan Singer, réalisateur des deux premiers films de la saga Marvel claque la porte, emportant avec lui les scénaristes de X-Men 2, et le trio se lance dans ce qui deviendra Superman Returns. Le studio Fox se retrouve le bec dans l'eau et se tourne vers Darren Aronofsky, qui venait de faire parler de lui avec The Fountain, déjà avec Hugh Jackman. Il refuse.
Déjà auteur de comics X-Men pour Marvel, Joss Whedon est contacté, mais il prépare alors son film Wonder Woman (qui ne verra jamais le jour) et préfère partir chez DC. Il sera cependant engagé par Marvel quelques années plus tard pour Avengers et Avengers : l'ère d'Ultron.
La Fox, qui a renouvelé les contrats de ses acteurs, cherche à faire avancer le film vite, afin que les renégociations n'aient pas été vaines. Rob Bowman (Elektra) est envisagé, comme Peter Berg, qui refuse et part faire Le Royaume (il déconstruira le genre super-héroïque dans Hancock deux ans plus tard), tandis qu'Alex Proyas, également contacté, dit "non" à cause de sa mésentente avec les producteurs de la Fox sur I, Robot.
Matthew Vaughn est engagé mais claque la porte
Twentieth Century Fox
Zack Snyder est contacté mais renonce, car déjà engagé sur le péplum 300, comme Guillermo Del Toro, occupé par Le Labyrinthe de Pan. Cependant, au tout début juin 2005, un réalisateur signe enfin : Matthew Vaughn !
Ce dernier attaque directement les castings mais finit par quitter le projet, officiellement parce que le film allait lui faire passer trop de temps loin de sa famille. C'est sans doute l'une des raisons, mais en voici une autre, qu'il a récemment révélée :
"Je suis arrivé dans le bureau de l'un des producteurs et il y avait un scénario de X-Men 3 bien plus épais [que ce que j'avais]. J'ai demandé d'où il sortait, et on m'a répondu 'ne t'inquiètes pas'. J'ai dit : 'Je suis le réalisateur, dites-moi ce que c'est' (...)."
Twentieth Century Fox
"Je m'en empare, je l'ouvre à la première page et il est écrit : 'Afrique. Une scène avec [le personnage de] Tornade. Des enfants meurent du manque d'eau. Elle crée une tempête et sauve tous ces enfants. 'Pas mal', je me dis, c'est une bonne idée. Je répète ma question et on me répond 'C'est le scénario d'Halle Berry, ne t'inquiètes pas. C'est parce qu'elle n'a pas encore signé [pour faire le film]'."
Puis le producteur explique que cette scène de sauvetage en Afrique, demandée par Halle Berry comme condition de sa participation au film, n'existe que pour la tromper et que ce scénario sera jeté à la poubelle dès qu'elle aura signé. Vaughn n'a pas apprécié la méthode et quitte le projet une semaine après avoir été engagé.
Une semaine plus tard, le studio arrêtera enfin son choix final sur Brett Ratner (Rush Hour, Dragon rouge), qui avait été envisagé pour mettre en scène le premier X-Men en 2000. C'est lui qui mettra en scène le 3ème opus, avant que Matthew Vaughn ne soit rappelé pour X-Men: le commencement, préquel à la saga initiale.