Deux petites filles, Mei et Satsuki, viennent s'installer avec leur père dans une grande maison à la campagne afin de se rapprocher de l'hôpital où séjourne leur mère. Elles vont découvrir l'existence de leurs nouveaux voisins, invisible aux yeux des autres humains, des créatures merveilleuses, mais très discrètes : Grand Totoro, Moyen ...