Avant de réaliser ses deux précédents longs-métrages (Sous toi, la ville et Une minute d’obscurité), Christoph Hochhäusler travaillait déjà sur un scénario impliquant un journaliste, qu'il laissa de côté devant l'ampleur de la tâche. C'est, des années plus tard, sous l’impulsion de son ami et collaborateur Ulrich Peltzer qu’il reprit en main le projet et qu'il décida de l’ancrer dans le milieu moderne des lobbyistes. A partir des suggestions du réalisateur, les deux s’assirent des heures durant et construisirent le scénario petit à petit.
La première plongée de Christoph Hochhäusler en plein dans le film de genre semble bien éloignée de ses œuvres précédentes. Sa démarche n’est pourtant pas si distante des peintures sociales que le cinéaste a pris l’usage de radiographer. En effet, selon lui, le journaliste est une figure qui a une obligation de recherche, laquelle fait surgir des questions sociétales plus profondes et enfouies.
Christoph Hochhäusler co-écrivit le scénario du film avant les révélations d'Edward Snowden, qui divulga en 2013 les systèmes d'écoute mis en place par la NSA pour laquelle il travaillait. Afin d'enrichir une réalité masquée aux yeux de tous, Hochhäusler et son co-scénariste Ulrich Peltzer s'appuyèrent sur des cas concrets, comme le scandale Enviopoisoning, la lutte des lobbyistes autour du REACH ou les articles du journal britannique World Affairs, journal trimestriel qui débat de la politique étrangère américaine.
Le réalisateur a procédé à un casting traditionnel pour recruter ses deux acteurs principaux : Florian David Fitz, star nationale du grand écran et Lilith Stangenberg, actrice issue du théâtre. Les comédiens, aux tempéraments décrits comme opposés par Christoph Hochhäusler, virent leur différence utilisée par le cinéaste pour construire l'alchimie du duo de journalistes au centre de l'intrigue.
Pour Christoph Hochhäusler, la vie quotidienne est entourée d'un "oeil numérique", de "capteurs qui détectent que notre corps entre dans un ascenseur, un avion ou un magasin". A l'image, le cinéaste s'est donc efforcé de montrer ce balayage intensif de diverses sources numériques par des mouvements de caméra mécaniques, qu'il nomme "scan tracks".
Dans Les Amitiés Invisibles, on peut apercevoir la scène finale de Bas les masques dans laquelle Humphrey Bogart, dernier bastion du journalisme intègre, répond à un puissant sénateur qui veut l'empêcher de publier son baroud d'honneur à scandale : "That's the press, baby !" Une citation que le réalisateur a placée avec une intention ironique, le film d'origine présentant la fin d'un certain état d'esprit journalistique.
Depuis le début des années 2000, une appellation journalistique, "l'Ecole de Berlin", englobe un certain renouveau du cinéma berlinois, une nouvelle vague allemande dont ferait partie des cinéastes comme Christian Petzold, Florian Henckel Von Donnersmarck et... Christoph Hochhäusler. Si la plupart des cinéastes reconnus comme appartenant au mouvement ont rejeté l'étiquette, Hochhäusler a confessé au festival de Rome ne pas la voir comme problématique.