Plusieurs années après la fin de City Hunter, Kaori, qui est sur le point de se marier avec Ryô Saeba, meurt en tentant de sauver un enfant sur le point de se faire renverser par un camion. Son coeur est volé par une organisation qui le greffe à Glass Heart, une jeune tueuse à gages de 14 ans. Cette dernière hérite alors de certains souvenirs de Kaori, mais également de ses sentiments envers Ryô. Glass Heart va donc essayer de retrouver celui qui occupe ses pensées tout en essayant de mener une vie normale d'adolescente…