Victime d'une mystérieuse organisation d'hommes en noir qui l'ont empoisonné et l'ont ainsi fait redevenir un enfant, Conan se retrouve contraint de retourner à l'école primaire. Tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes sur des meurtres inexpliqués et résout des affaires ténébreuses.