Kobayashi, jeune collégien, se réveille dans sa classe à côté du cadavre démembré de son professeur principal. Il est le premier suspect dans l'enquête menée par le commissaire Keisuke Kagami, et Kogorô Akechi, jeune détective de génie de 17 ans. Kobayashi demande alors à Akechi d'être son assistant. Ce dernier accepte mais lui impose de prouver son innocence en trouvant le coupable.