Edouard Baer se fait connaître au début des années 90 en jouant avec Ariel Wizman les co-animateurs d'émissions sur Radio Nova comme La Grosse Boule et Paroles de Femme. Il ne tarde pas à décliner son univers loufoque sur Canal + avec l'extravagant Centre de Visionnage où se déploie son goût de l'absurde et de l'improvisation.

Mais Edouard Baer, qui s'était inscrit à 18 ans au Cours Florent, est avant tout comédien. En 1994, il fait sa première apparition à l'écran dans La Folie douce de Frédéric Jardin. Amant de Sandrine Kiberlain dans Rien sur Robert (1999), il atteint sa maturité d'acteur en 2001 avec Betty Fisher et autres histoires de Claude Miller et Dieu est grand, je suis toute petite aux côtés d'Audrey Tautou. Devant la caméra de ses complices Alain Chabat (Astérix et Obélix : mission Cléopâtre) et Isabelle Nanty - qui fut son professeur de théâtre (Le Bison), Edouard Baer n'est alors plus perçu comme un simple trublion audiovisuel mais comme un acteur à part entière. Son Molière pour la pièce Cravate club, qui sera adaptée au cinéma en 2002, assoit encore sa popularité.

Edouard Baer s'est entre-temps lancé dans la réalisation avec un premier long métrage, La Bostella (1999), fidèle transposition cinématographique de son délirium profond. Boudé par le public, son second film, Akoibon (2005), véritable hommage à son idole Jean Rochefort, le sera tout autant. Ces échecs commerciaux et quelques choix de carrière pour le moins hasardeux (A boire, Double zéro) ne l'empêchent toutefois pas de triompher dans la surprenante comédie Mensonges et trahisons (2004) de Laurent Tirard, ancien journaliste chez Studio Magazine, et de partager, aux côtés de Clovis Cornillac et Olivier Gourmet, l'affiche des prestigieuses Brigades du Tigre (2006), tout droit sorties de notre mémoire télévisuelle.

Visiblement à l'aise dans le passé, Edouard Baer remonte une nouvelle fois le temps en 2006, et atterrit à l'époque de Molière, où il campe un Dorante fourbe à souhait, face à Romain Duris et Fabrice Luchini, dans cette partie romancée de la vie de l'écrivain, signée Laurent Tirard. Une fantaisie intercalée entre deux films plus sérieux (Je pense à vous de Pascal Bonitzer, et La Fille coupée en deux de Claude Chabrol, où il joue, plus ou moins son propre rôle) qui viennent confirmer l'étendue d'un talent ne se limitant pas à la simple comédie. Ce que l'année 2008 lui donne l'occasion de prouver, entre la tragi-comédie policière de Samuel Benchetrit, J'ai toujours rêvé d'être un gangster, le tour de Passe-passe qu'il exécute avec Nathalie Baye chez Tonie Marshall, le drame Un monde à nous, ou encore le nouveau délire d'Eric et Ramzy, Seuls Two.

Il met a profit son talent d'éloquence pour tenir le rôle du narrateur dans Les Herbes folles d'Alain Resnais, dans Le Petit Nicolas de Laurent Tirard et dans Poulet aux Prunes de Marjane Satrapi. En 2010, Il varie une fois de plus les plaisirs avec la comédie Les Barons, le drame historique Une exécution ordinaire et la comédie dramatique Mon pote, dans laquelle il incarne le patron d'un magazine qui se lie d'amitié avec un ancien braqueur (Benoît Magimel) en lui offrant une seconde chance. Accompagné d'Alain Chabat, il parie sur le Turf de Fabien Onteniente et perd au box-office. En parralèle, l'acteur trouve le temps de prêter sa voix aux films d'animation Robots (2005), Les Pirates ! (2012) et Phantom Boy (2015).

Edouard Baer fait un retour remarqué au cinéma en 2012 en remplaçant Christian Clavier dans le rôle d'Astérix, cette fois-ci au service de Sa Majesté sous la direction de Laurent Tirard. Privilégiant l'univers théâtral (A la française! et La Porte d'à côté avec Emmanuelle Devos), on l'aperçoit sur grand écran en opportuniste dans la comédie Les Invincibles (2013). Mari insouciant de Sandrine Kiberlain dans Encore heureux, il réalise le loufoque Ouvert la nuit en 2016, dans lequel il campe également le rôle principal. Avec Mademoiselle de Joncquières de Emmanuel Mouret, il goûte au film en costumes aux côtés de Cécile de France et Alice Isaaz. Il prend ensuite part aux comédies Black Snake, la légende du serpent noir, La Lutte des classes, Raoul Taburin et La Bonne épouse.