À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Dans un restaurant de Tel-Aviv, une femme fait exploser une bombe. Toute la journée, le docteur Amine, israélien d'origine arabe, opère les nombreuses victimes de l'attentat. Au milieu de la nuit, on le rappelle d'urgence pour lui annoncer que la kamikaze est sa propre femme.
A Beyrouth, de nos jours, une insulte qui dégénère conduit Toni (chrétien libanais) et Yasser (réfugié palestinien) devant les tribunaux. De blessures secrètes en révélations, l'affrontement des avocats porte le Liban au bord de l'explosion sociale mais oblige ces deux hommes à se regarder en face.
Au Liban, dans un village isolé, cerné par des mines, les femmes chrétiennes et musulmanes complotent pour empêcher les hommes de se battre. Jusqu’au jour où un drame surgit…
Farès et Meriem forment avec Aziz, leur fils de 9 ans, une famille tunisienne moderne issue d’un milieu privilégié. Lors d’une virée dans le sud de la Tunisie, leur voiture est prise pour cible par un groupe terroriste et le jeune garçon est grièvement blessé..
Fin de l’été 1976, banlieue nord de Beyrouth. Noha est sur le point de se marier. Les siens sont soulagés de la voir saisir sa dernière chance avant de passer à la trappe et coiffer le bonnet de vieille fille que porte déjà tristement sa sœur aînée.
Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération.
Lors d'une fête étudiante, Mariam, croise le regard de Youssef. Quelques heures plus tard, Mariam, erre dans la rue en état de choc. Commence pour elle une longue nuit durant laquelle elle va devoir lutter pour le respect de ses droits et sa dignité. Mais comment peut-on obtenir justice quand celle-ci se trouve du côté des bourreaux ?
Fin du XVIIIème siècle, dans une colonie d’Amérique latine, le juge don Diego de Zama espère une lettre du vice roi du Río de la Plata signifant sa mutation pour Buenos Aires. Souffrant de l’éloignement et du manque de reconnaissance, il perd patience et, pour se libérer de son attente, se lance à la poursuite d’un mystérieux bandit.
Félicité, libre et fière, est chanteuse le soir dans un bar de Kinshasa. Sa vie bascule quand son fils de 14 ans est victime d'un accident de moto. Pour le sauver, elle se lance dans une course effrénée à travers les rues d'une Kinshasa électrique, un monde de musique et de rêves. Ses chemins croisent ceux de Tabu.
Années 80, à la veille des événements de Sabra et Chatila. La révolte gronde dans une prison israélienne, où sont détenues des prisonnières politiques palestiniennes.
En 1982 pendant l’invasion du Liban, dans une école privée en périphérie de Beyrouth, Wissam, onze ans, tente de confesser son amour à l’une de ses camarades de classe. Au même moment, ses professeurs, qui partagent un différend politique, essayent de masquer leurs craintes.
Adnan, agent de voyages d’une petite ville du Liban, a toujours rêvé de parcourir le monde, mais n’a jamais eu la chance de quitter son pays. Les récits de ses clients résonnent alors comme les cartes postales de ses voyages imaginaires.
Bien qu'il soit le fils du roi, shadphant, un éléphant maladroit, déçoit tous les animaux de la jungle. mais lorsque sa forêt est menacée par des chasseurs il va devoir faire face à ses peurs et tout mettre en œuvre pour sauver son futur royaume.
Sur une route de montagne au Liban, un homme se relève d’un accident de voiture. Choqué et en sang, il erre jusqu’à un véhicule en panne et aide ses quatre occupants à le réparer. Devenu amnésique, le groupe prend soin de lui et l’emmène dans une ferme barricadée de la vallée de la Bekaa...