Le Parrain, 3e partie devait s'intituler "La Mort de Michael Corleone". Mais les producteurs ont refusé ce titre, jugé trop violent et révélateur.
Une partie du scénario écrit pour Le Parrain 3eme partie prend directement source dans le scandale au début des années 80, autour de la Banco Ambrosiano. Cette banque italienne était en lien étroit avec la Mafia et la Banque du Vatican et transférait secrètement des fonds aux 4 coins du monde. Certains des personnages du Parrain 3eme partie s'inspirent des principaux protagonistes de la Banco Ambrosiano: cela vaut pour l'évêque Gilday (inspiré de Paul Casimir Marcinkus, le président de cette banque), pour le cardinal Lamberto (inspiré d'Albino Luciani, plus connu sous le nom de Jean-Paul Ier) et pour Don Licio Lucchesi (inspiré de Licio Gelli, ancien personnage politique impliqué dans plusieurs affaires de corruption).
Francis Ford Coppola a d'abord imaginé une violente mort pour Michael Corleone. Le Parrain 3eme partie devait finir sur une fusillade devant une église, à l'issue de laquelle Corleone s'écroule, mortellement touché par une balle. Il a été décidé que le personnage ne décèderait que bien des années après, à un âge très avancé, n'en déplaise à Coppola, qui y voyait un dénouement bien trop facile pour un héros aussi cruel.
Au moment de la préparation de ce troisième volet, Robert Duvall refuse de reprendre le rôle de Tom Hagen à moins d'avoir un salaire équivalent à celui d'Al Pacino. La production n'accède pas à sa demande. Francis Ford Coppola décide alors de faire mourir le personnage de Hagen plutôt que de remplacer Duvall par un autre acteur.
De nombreux acteurs ont demandé à pouvoir jouer le rôle de Vincent Mancini, notamment Alec Baldwin, Matt Dillon, Val Kilmer, Charlie Sheen et Nicolas Cage entre autres. Le choix s'est finalement porté sur Andy Garcia, vu précédemment dans Les Incorruptibles de Brian De Palma et dans Black Rain de Ridley Scott.
Sofia Coppola, fille de Francis Ford, joue Mary, la fille de Michael Corleone. L'actrice, âgée de 19 ans sur le tournage, est comédienne depuis... 19 ans! C'est en effet elle qui joue le rôle de l'enfant de Connie et Carlo dans le premier volet, lors de la scène de baptême vers la fin du film. Elle venait de naître 3 jours avant le tournage de la séquence. Sofia apparaît également dans le second épisode, durant la séquence du bateau qui transporte les immigrants européens vers New York.
Al Pacino, tout juste âgé de 50 ans lors du tournage du Parrain 3eme partie, a été maquillé pour paraître plus vieux. Il faut dire que son personnage a déjà une soixantaine d'années dans le film.
La musique originale du Parrain, 3eme partie a été écrite par Carmine Coppola, le père de Francis Ford. Il est mort peu de temps après la sortie du film. Il avait également composé la musique du Parrain, 2e partie et d'Apocalypse Now.
Catherine Cappa Scorsese, mère du réalisateur Martin Scorsese, tient un petit rôle dans Le Parrain 3eme Partie. Martin Scorsese et Francis Ford Coppola sont de très bons amis depuis de nombreuses années. Tous deux font partie de cette génération de réalisateurs représentant le Nouvel Hollywood.
Le Parrain 3eme partie a été nommé aux Oscars 1991 à sept reprises: meilleur acteur dans un second rôle pour Andy Garcia, meilleurs décors, meilleur montage, meilleure musique originale, meilleure image, meilleure lumière, meilleur réalisateur... Mais, à la différence des deux premiers volets, le film n'a remporté aucune statuette.
Une certaine Winona Ryder était supposée incarner Mary Corleone mais à cause d'une bouffée de stress ingérable, la comédienne a dû abandonner alors que le tournage venait de commencer. Francis Ford Coppola prit ainsi la décision de la remplacer par sa propre fille Sofia, future réalisatrice acclamée, qui n'avait pas une grande expérience en tant qu'actrice. Pour faire prévaloir son choix, le célèbre metteur en scène a dû se battre avec La Paramount.