Le scénario se déroule deux ans après la victoire de Cloud et le groupe AVALANCHE sur Sephiroth. Entre-temps, Cloud s’est isolé et se trouve hanté par les démons de son passé.
Depuis sa quasi-destruction par un météore, Midgar n’est plus que l’ombre de ce qu’elle était : une mégapole économique et industrielle, que ses habitants commencent petit à petit à reconstruire. Le météore avait été invoqué par Sephiroth grâce à l'unique materia noire : la materia de destruction. Aeris avait alors sacrifié sa propre vie pour invoquer et utiliser la materia blanche, celle qui était assez puissante pour contrer la materia noire. En vain malheureusement, c'est alors que la Rivière de la Vie elle-même mit fin au carnage.
Cependant, une mystérieuse maladie, le syndrome de la cicatrice étoilée (les géostigmates), les tourmente ; c'est la preuve que Jénova se bat contre la rivière de la vie même après la mort. Cette dernière apporte la mort et encore plus de désespoir dans un monde en proie à la misère, surtout après l’abandon de l’utilisation du Mako. Cloud, devenu livreur, mène une vie calme et vit avec Tifa et des orphelins. Toutefois, atteint par les géostigmates, il s’en éloigne afin que les autres ne s’en aperçoivent pas.
Un jour, il reçoit un appel téléphonique lui offrant un nouveau travail en tant que garde du corps pour un mystérieux homme en fauteuil roulant, qui s’avère être Rufus, président de la Shinra miraculeusement rescapé d’une explosion. Rufus veut se prémunir du gang d’un dénommé Kadaj, à l’origine de la capture et de la torture d’Elena et Tseng, deux membres des Turks, dévoués à la Shinra.
Jeunes et violents, Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère » qui s’avère être Jénova et dont ils soupçonnent la Shinra d’en avoir gardé la possession. Ils s’avèrent être des esprits (les « incarnés ») de Sephiroth et ont pour objectif d’effectuer la « Réunion ». Ils considèrent Cloud comme un « grand frère » traître à leur cause ; ainsi, ils s’en prennent aux orphelins malades protégés par ce dernier afin de s'en servir comme boucliers humains et d’attirer Cloud dans un piège. Ils en profitent également pour s’emparer de sa collection de materias. Pris au piège, Cloud s'échappe avec l’aide de Vincent qui intervient au moment opportun.
Afin de se venger des humains, et ne parvenant pas à retrouver Jénova par ses propres moyens, Kadaj invoque le Bahamut dans Midgar et envisage de détruire un monument en souvenir du Météore dans lequel il soupçonne la présence des restes de Jénova. C’est alors que les autres membres de l’équipe ayant vaincu Sephiroth font leur réapparition pour combattre le Bahamut : Barret, Rouge XIII (Nanaki), Yuffie, Cid et Cait Sith. Vincent et Tifa s'illustrent également dans la bataille, et ont le soutien de Reno et Rude.
En réunissant leurs forces, ils parviennent à vaincre le Bahamut, mais Kadaj s’empare de cellules de Jénova, qui étaient effectivement possédées par Rufus Shinra : celui-ci les dissimulait en fait sous son manteau depuis le début.
Cloud engage alors une course-poursuite à moto avec Kadaj, clin d’œil à la course-poursuite de Final Fantasy VII. Il sème ses poursuivants et affronte Kadaj dans l’église où Aeris faisait pousser ses fleurs. Affaibli par les géostigmates, Cloud se retrouve en difficulté mais est sauvé par une intervention d’Aeris, qui s'oppose également à Jénova au sein de la Rivière de la Vie, et le soigne (symboliquement, une source d'eau jaillit hors du sol). Son esprit encourage Cloud, et Kadaj prend la fuite, déstabilisé par cette apparition.
Cloud, renforcé par l’intervention d’Aeris, vainc Kadaj qui effectue alors la Réunion avec Jénova, donnant naissance à un avatar de Sephiroth qui invoque un sabre long de deux mètres pour se battre (la Masamune). Après un combat acharné, Cloud l'emporte en utilisant une Limite. Kadaj meurt, rejoignant Aeris. Juste après, Cloud est mortellement blessé par Yazoo et Loz, mais Aeris et Zack l'expulsent de la Rivière de la Vie pour le ramener dans l'Église des Taudis. Vient ensuite le dernier cadeau d'Aeris aux habitants de Edge, le Grand Évangile et son eau permet de guérir les victimes de la blessure de la Terre causée par Jénova : le fléau Géostigma.