Michou d'Auber marque les retrouvailles de deux des acteurs les plus populaires du cinéma français, Gérard Depardieu et Nathalie Baye. Si les spectateurs se souviennent forcément du couple qu'ils formèrent dans Le Retour de Martin Guerre, le film à succès de Daniel Vigne en 1982, les deux comédiens se sont également donné la réplique dans Rive droite, rive gauche de Philippe Labro en 1984 et dix ans plus tard dans La Machine de François Dupeyron. Ajoutons que Baye fit une apparition dans La Dernière Femme (1976), film de Marco Ferreri avec Depardieu. On se souvient aussi la chanson Comédien, comédien qu'ils avaient interprètée en duo à la télévision dans les années 80.
Réalisateur de comédies à succès (La Vérité si je mens, Black mic-mac), Thomas Gilou s'essaie avec Michou d'Auber à un registre plus tendre. Il précise ses intentions : "J'ai voulu que l'image du film reflète le passage de l'ombre vers la lumière, à mesure que l'enfant s'ouvre aux autres. Parmi les thématiques du film, la découverte de la nature a son importance : une nature française, loin du pittoresque, qui confine au mystique. Les acteurs forment les paysages de ce film tandis que les paysages deviennent autant de personnages (...) Michou d'Auber nous raconte une histoire qu'ont vécue beaucoup d'enfants algériens dans les années 60. L'histoire des parents d'aujourd'hui et de leurs enfants, à la recherche de racines rêvées et d'une culture qui leur rassemble (...) C'est l'histoire universelle de parents et d'enfants qui s'ouvrent à la différence."
Fait inhabituel, le Sénat a décidé d'organiser le 12 février 2007 une avant-première de Michou d'Auber, dans le cadre d'une journée de débats sur l'Histoire de l'immigration en France (une série documentaire sur le sujet, diffusée sur France 5 en avril 2007, est également programmée ce jour-là).
"Michou d'Auber est l'histoire vraie, mais romancée, de Messaoud Hattou", révéle le réalisateur. Scénariste du film, Messaoud Hattou (qui avait déjà coécrit un précédent film de Thomas Gilou, Raï) est également acteur : il jouait l'un des rôles principaux de Bab el-Oued City de Merzak Allouache, apparaissait dans Chouchou, et on l'a aperçu également chez Ruiz, Dubroux.
Selon le cinéaste, Michou d'Auber "se situe dans la lignée de films humanistes, depuis Le Vieil homme et l'enfant de Claude Berri jusqu'à La Vie est belle de Roberto Benigni. D'autre part, à propos du personne incarné par Gérard Depardieu, Thomas Gilou dit s'être inspiré des films de Maurice Pialat, en particulier Sous le soleil de Satan et L'Enfance nue.
Sur le tournage de Michou d'Auber, en 2005, Gérard Depardieu fit une déclaration qui inquiéta ses fans : interviewé par le quotidien Le Parisien, il annonça que, lassé par le métier, il envisageait sérieusement d'arrêter le cinéma, et que le film de Thomas Gilou serait alors un départ "en beauté". Depuis, l'infatigable et imprévisible Depardieu semble avoir changé d'avis...