Dans les années 80, une vague d'attentats frappe Paris. Le juge Boulouque est saisi des dossiers concernant les évènements d'automne 86 dans lequel les membres du groupe Fouad Saleh sont interpellés. Suite à des fuites et à un entretien qu'il accorde au Journal du Dimanche, Gilles Boulouque est accusé d'avoir violé le secret de l'instruction. Inculpé, le juge se suicide à son domicile parisien.
La Fille du juge est adapté du roman Mort d'un silence écrit par Clémence Boulouque, la fille du juge Boulouque. L'écrivain y raconte sa propre histoire.
Plutôt que de mener sa propre enquête sur l'affaire Boulouque, William Karel a pris le parti de rester fidèle au récit de Clémence Boulouque. Pour éviter que le film soit trop long, le cinéaste a été contraint de le raccourcir et n'a utilisé qu'un quart du texte.
Spécialiste des documentaires historiques et politiques, William Karel propose dans La Fille du juge un genre de documentaire inédit : " Je suis resté extrêmement fidèle au livre, quitte à me lier les mains. (...) je ne pouvais pas dire ce dont Clémence ne parlait pas, ni utiliser des témoins ou un commentaire pour éclaircir certains points. Voilà pourquoi ce film ne ressemble à riende connu, puisque ce n'est ni un documentaire classique, ni une fiction et surtout pas un docu-fiction."
C'est Elsa Zylberstein qui raconte l'histoire de Clémence Boulouque. Le réalisateur avait rencontré l'actrice sur le tournage de Van Gogh de Maurice Pialat. Au début du projet, le réalisateur voulait filmer la comédienne en train d'enquêter et de lire les journaux concernant l'affaire Boulouque. Mais, il a seulement conservé une scène d'Elsa Zylberstein en noir et blanc.
William Karel n'a pas voulu refaire lui-même l'enquête de l'affaire Boulouque contrairement à ses autres documentaires. Pour réaliser La Fille du juge, il a utilisé des images d'archives d'émissions et de journaux télévisés ainsi que des photos et des films de famille tournés en super 8 par le juge Boulouque. C'est Clémence Boulouque qui a mis à disposition du réalisateur ces images de souvenir, " C'était un peu compliqué, car céder ces archives personnelles représentaient pour moi un abandon terrible et un choc frontal. (...) Mais l'essentiel n'est pas là. Ce n'est pas un concours de photogénie, pas une course à l'égo, mais des pages pour l'absent - pour les absents", explique la jeune femme.
A la suite du décès de son père, Clémence Boulouque part faire ses études à New-York. Elle s'y installe un mois avant les attentats du 11 septembre. Son livre commence et finit par ces évènements. "C'est la confrontation avec le terrorisme qui a été le déclencheur de mon livre" explique-t-elle. William Karel a donc décidé de filmer Clémence Boulouque à New York aujourd'hui.
Clémence Boulouque s'exprime sur les propos de son livre : "Bien sûr, mon livre, ce film est un hommage à mon père et à tous ceux que l'actualité a balayé. Mais c'est aussi l'histoire d'un deuil tout simple. Il est parti trop tôt, je le fais revenir comme je peux. C'est ma seule victoire."
Fondée en 1994, Roche Productions est une société indépendante de production spécialisée dans le documentaire à caractère géopolitique ou historique. Elle a été fondée par Dominique Tibi, un proche collaborateur de William Karel. La fille du juge est le premier long-métrage produit par Roche Productions.