Le Cinquième empire est inspiré de El Rei Sebastião, une pièce de théâtre de l'écrivain portugais José Régio. Manoel de Oliveira, qui fut un ami de cet auteur, né en 1900 et décédé en 1968, avait déjà porté à l'écran deux de ses oeuvres : Benilde ou a Virgem-Mae en 1974 puis Mon cas en 1986. En 1965, il l'avait filmé dans un court documentaire, As Pinturas do Meu Irmão Júlio : l'écrivain évoquait les toiles de son frère peintre Julio.
Après avoir scruté ses contemporains dans Je rentre à la maison, Le Principe de l'incertitude et Un film parlé, et livré ses souvenirs dans Porto de mon enfance, Manoel de Oliveira se replonge, avec Le Cinquième empire, dans l'histoire et la mythologie portugaise, comme il l'avait fait en 2000 avec Parole et utopie, un film sur l'Inquisition.
Manoel de Oliveira s'est entouré de ses fidèles collaborateurs : la Française Valérie Loiseleux, monteuse de tous ses films depuis La Divine Comédie en 1992 (sauf Le Principe de l'incertitude), le producteur Paulo Branco, Portugais installé à Paris depuis 1973 et qui travaille avec le réalisateur depuis Amour de perdition en 1979. Oliveira fait par ailleurs appel pour la deuxième fois à la chef-opératrice française Sabine Lancelin. La distribution est composée d'habitués de son univers, à commencer par l'élégant Luis Miguel Cintra, un des plus grands acteurs portugais, qui tourne ici son quinzième film avec le maître de Porto. Quant à Ricardo Trepa, qui incarne le Roi Sebastião, ce n'est autre que le petit-fils de Manoel de Oliveira.