Aeon Flux est en fait adapté d'une série animée homonyme créée en 1995 par le Sud-Coréen Peter Chung et l'Américain Howard E. Baker et diffusée sur la chaîne musicale MTV.
Charlize Theron s'est blessée au cou durant le tournage à Berlin. L'incident s'est produit alors qu'elle jouait une scène physiquement éprouvante. La belle s'étant accordée une pause pour se remettre de ses blessures, le tournage reprit un mois plus tard. Cette malheureuse expérience a poussé l'actrice à faire figurer dans son contrat une clause spécifiant qu'elle était dorénavant exemptée de toute cascade.