Armand Gatti est invité par Fidel Castro, sur une recommandation de Joris Ivens et d’Ernesto Guevara (rencontré en 1954 lors d’un reportage sur la guerre civile au Guatemala), à réaliser un film qui doit représenter Cuba au Festival de Cannes en 1963. Le tournage se déroule à partir de novembre 1962, en pleine crise des fusées, alors que l’île est depuis peu soumise à un blocus qui transforme le moindre problème technique ou matériel en difficulté insurmontable. Le premier montage dure cinq heures, avant d'être ramené à un format d'une heure quarante.
Lors de la présentation d'El otro Cristóbal au Festival de Cannes en 1963, le producteur cubain et le producteur français Adam Ulrych se brouillent : ce dernier réclame la saisie de la copie par la justice et s’oppose à toute distribution en France pendant une trentaine d’années. Après une unique projection sur la Croisette, la diffusion de ce film restera confidentielle.
Armand Gatti revient sur l’idée de départ de son film : "C’était un matelot qui découvre Cuba aujourd’hui comme Christophe Colomb avait fait un demi-siècle auparavant. J’avais longtemps pensé à un noir pour ce rôle, puis les choses ont changé, et j’ai fait du Noir un parallèle avec Cristóbal pour avoir un effet sous-jacent d’une espèce de Don Quichotte et Sancho Pança cubains". Il rajoute : "El otro Cristóbal est un film politique traité non sur le plan de l’immanence mais de la transcendance. Il s’agit de montrer que le socialisme n’est pas une source de délectation morose, le socialisme apporte la joie d’exister, inspire l’invention, secrète la poésie, le sens de l’épopée".
Le réalisateur évoque les raisons qui l'ont poussé à faire ce film sur Cuba : "Pour nous, qui n’avons pas connu la révolution de 1917 et qui étions trop jeunes à la guerre d’Espagne, c’était une occasion rare d’être plongés dans une révolution où nous pouvions apporter notre petite participation".