Le personnage de Zatoichi a déjà été porté à l'écran en 1964 avec La Légende de Zato Ichi. Shintaro Katsu y incarnait le sabreur aveugle et s'imisçait dans l'histoire d'un chargement d'or disparu.
Le projet fut proposé à Takeshi Kitano de manière inattendue par Madame Chieko Saito, une amie intimede Shintaro Katsu, qui interpréta le rôle de Zatoichi au cinéma et à la télévision de 1962 à 1989. Elle lui demanda demettre en scène une suite à ces aventures.
L'acteur-réalisateur se souvient : "Le projet m'intéressa immédiatement, car je n'avais à ce jour jamais travaillé sur un film historique et en costumes. Mais lorsqu'elle a ajouté qu'elle souhaitait que je reprenne le rôle titre, j'ai paniqué. Il n'était pas question que je remplace Shintaro Katsu dans ce personnage qu'il avait marqué de sa personnalité. J'ai doncpoliment décliné l'offre, mais c'était sans compter sur la ténacité de Madame Saito..."
Le scénario de Takeshi Kitano n'est pas basé sur l'une des aventures de Zatoichi interprétées par Shintaro Katsu. Il ne voyait pas l'intérêt de copier sa version du héros et s'est donc attelé à créer une nouvelle version de cettefigure héroïque, aussi différente physiquement et psychologiquement que possible de l'original.
Le réalisateur s'explique : "Zatoichi de Katsu avait les cheveux sombres, était habillé dans un kimono très coloré et portait une canne-épée marron. Cette apparence physique avaittrès bien fonctionné en son temps mais je tenais à m'en éloigner de manière ostentatoire. Mon Zatoichi est un homme plus coquet et excentrique. Ses cheveux sont blond platine et sa canne-épée d'un beau rouge sang. De même, en terme de caractère et de mentalité, il est nettement plus détaché des autres personnages sur le plan émotionnel. Le Zatoichi deShintaro Katsu avait un côté réconfortant dans les relations qu'il avait avec les villageois. Le mien ne se mêle pas vraiment aux gentils. Il se contente de pourfendre les méchants."
Takeshi Kitano souhaitait que les effets spéciaux n'interviennent jamais dans les scènes d'action. Il voulait assurer lui-mêmela plupart de ses cascades et de ses combats.
Ce dernier confie : "Dans l'histoire originale et les précédents films de la saga, Zatoichi dégaine sa canne-épée par un mouvement de revers. Cela impose des restrictionsconsidérables dans le maniement du sabre. Cela ne me laissait au final que peu de possibilités en terme d'action : dégainer en bas ou latéralement. Afin de décomposer les mouvements du sabre pour les rendre plus visibles à l'écran, j'ai adopté pour ces scènes despositions plutôt insolites. Du coup, cela provoquait des douleurs au niveau des poignets, coudes et épaules. Il a vraiment fallu m'entraîner."
La scène de la pluie est un hommage aux Sept samouraïs d'Akira Kurosawa. Takeshi Kitano raconte : "Lorsque nous avons filmé cette séquence, il nous a fallu non seulement lutter contre le froid, mais, à un certain moment, l'odeur de la pluie changea. Car l'eau neprovenait plus du réservoir qui était à sec mais d'un étang à carpes. Cela puait vraiment. Nous avions l'impression d'une pluie battante de poissons."
Pour le final atypique du film, Takeshi Kitano a fait appel à un groupe de danseurs japonaisappelé The Stripes. "J'ai vu leur spectacle et fus complètement fasciné par leur manière de danser. Leur style était complétement différent de celui, plus traditionnel, que l'on m'avait enseigné" explique-t-il.
Présenté à la Mostra de Venise 2003, Zatoichi a permis à Takeshi Kitano de remporter le Lion d'argent du Meilleur réalisateur.