L'histoire du film a pour cadre la catastrophe aérienne du Malabar Princess. Le 3 novembre 1950, cet avion d'Air India percuta le sommet du Mont Blanc, tuant son équipage et ses quarante passagers. Les causes de cet accident n'ont jamais été élucidées et cinquante ans plus tard, les morceaux de l'épave ont commencé à ressurgir, recrachés par le glacier des Bossons.
Malabar Princess marque les retrouvailles de Jacques Villeret avec Claude Brasseur. Les comédiens ont auparavant collaboré sur Le Bal des casse-pieds (1992) et Les Acteurs (2000), deux films où ils n'avaient aucune scène commune, et se sont surtout donné la réplique dans la pièce Le Dîner de cons de Francis Veber.
Jacques Villeret confie : "Nous sommes très copains. Sur un plateau, nous n'avons même plus besoin de nous surprendre. Il existe une formidable complicité entre nous. On s'est beaucoup amusé sur le tournage."
Pour ce premier long métrage, Gilles Legrand s'est appuyé sur des expériences personnelles. Il y a cinq ans, la perte de sa femme a bouleversé sa vie, l'amenant à observer la reconstruction de ses trois jeunes enfants. Ce dernier confie : "J'ai compris, au contact de pédopsychiatres, qu'un enfant, pour accepter la mort, a besoin de réponses rationnelles. Si Tom éprouve toutes les peines du monde à accepter la disparition de sa mère, c'est la faute des adultes, incapables de lui dire la vérité".
Avant de jeter son dévolu sur Jules Angelo Bigarnet, Gilles Legrand a rencontré 300 à 400 enfants. S'en est suivie une quarantaine d'auditions à Paris pour finir avec trois garçons. Les ultimes essais ont été tournés avec Jacques Villeret et très vite Jules Angelo Bigarnet s'est distingué.
L'entourage familial a joué un rôle important dans la décision du réalisateur. Le père du jeune comédien est en effet acrobate au cirque Zingaro et sa mère est comédienne. Celle-ci a coaché pendant trois mois son fils.
Gilles Legrand avoue être particulièrement sensible au cinéma de Jaco van Dormael. La dimension onirique et poétique de Toto le héros et du Huitième jour ont nourri certaines séquences du film. La scène de Tom croisant le Père Noël sur les pistes est directement inspirée du Huitième jour, lorsque le trisomique, joué par Pascal Duquenne, croit apercevoir Luis Mariano danser sur le capot de la voiture.
Dans le film, le grand-père incarné par Jacques Villeret cite Françoise Dolto. Il s'agit d'un clin d'oeil du réalisateur à la célèbre pédopsychiatre. Celui-ci explique : "La pédopsychiatrie est formidable lorsqu'elle est ramenée à un processus de vulgarisation qui permet à chacun de l'aborder sans trop de difficultés. J'ai demandé à une amie psychiatre de me ressortir un extrait imbitable afin d'éclairer la relation entre le grand-père et son petit-fils."