Le Crime du père Amaro est basé sur le roman homonyme écrit en 1875 par José Maria Eça De Queiroz, l'un des plus grands écrivains portugais. L'intrigue a été transposée en 2002 par le romancier Vicente Lenero, le réalisateur Carlos Carrera estimant que son intrigue pouvait traverser le temps.
Gros succès public au Mexique en 2002, Le Crime du père Amaro a cumulé les nominations lors des plus prestigieuses remises de prix de l'année : 13 citations aux Areil, l'équivalent mexicain des Oscars, dont neuf remportés, une aux Golden Globe du meilleur film étranger, une autre à l'Oscar du meilleur film étranger.
L'intrigue du Crime du père Amaro n'a pas manqué de déclencher la controverse lors de sa sortie dans son pays d'origine, le Mexique. Ainsi certains groupes conservateurs ont-ils demandé le bannissement pur et simple du film, sont toutefois parvenir à leur fin.
Pour préparer son rôle du père Amaro, le jeune acteur Gael Garcia Bernal s'est plongé dans un ouvrage intitulé Théologie de la libération et dans les oeuvres de Saint Thomas d'Aquin. Véritable espoir du cinéma hispanique, l'acteur vu dans Amours chiennes et Autour de Lucy attirait par ailleurs de nombreux fans sur les plateaux de tournage.
Le rôle du père Benito devait originellement être confié à Paco Rabal, décédé en septembre 2001 peu avant le tournage du Crime du père Amaro. L'acteur a alors été remplacé au pied levé par Sancho Garcia, un proche de Paco Rabal.