La Fin du règne animal est le premier long métrage de Joël Brisse. Ce dernier a auparavant réalisé de nombreux courts métrages (Les Pinces à linge (1998), Le Songe de Constantin (1999), La Pomme, la figue et l'amande (2000) ou encore La Gardienne du B (2001)) et a travaillé comme co-scénariste de Marie Vermillard sur Reste (1992), Eau douce (1997) et Imago (jours de folie) (2001).
La Fin du règne animal a été tourné à Pompignan, un village du Gard dans lequel Joël Brisse vit une partie de l'année.
Joël Brisse explique d'où lui est venue l'idée du titre : "Le lien spontané et charnel que l'on a entretenu avec les animaux est en train de disparaître (...) Aujourd'hui, les animaux doivent nous distraire ou nous nourrir (...) Si nous les avons transformés ainsi, c'est que nous nous sommes transformés de cette façon, et cela a sûrement des répercussions sur nous".
Joël Brisse a jeté son dévolu sur Bruno Lochet, car il semblait être l'acteur qui avait le moins étouffé l'enfant en lui. Le réalisateur se souvient : "Il me semble très proche de Noël, à fleur de peau, sensuel, révolté, imprévisible, faible et fort à la fois. Il s'est investi avec beaucoup de générosité et de courage, en allant parfois contre lui-même, sans cesse sur le fil du rasoir, entre gravité et humour."
Quant à Hélène Fillières, celle-ci a fait entrevoir à Joël Brisse une dimension autre du personnage, moins maternelle, plus citadine. Ce dernier poursuit : "Du coup, j'ai pensé que quelque chose se dessinerait mieux et irait plus dans le sens de la fable. Elle représentait un monde à elle seule, le monde qui nous ressemble, celui qui vient de la culture de la ville".