Après son court métrage La Ballade de Don en 1999, Le Pharmacien de garde est le premier film de Jean Veber. Fils du réalisateur Francis Veber, il raconte que son envie de faire du cinéma a été déclenchée par King Kong (1933) et par son père : "King Kong parce que c'est mon premier grand souvenir de cinéma, et mon père, parce que c'est lui qui m'a emmené voir King Kong."
En choisissant Vincent Perez pour le rôle de Yan Lazarrec, Jean Veber avait en tête l'image d'Anthony Perkins dans Psychose (1960, Alfred Hitchcock) : "j'avais envie de retrouver cette dualité, cette fêlure, avec Vincent qui a ce côté charmant, mais qui peut dans la seconde devenir très inquiétant."
Pour l'ordre des Druides sanguinaires duquel se réclame le pharmacien Yan Lazarrec dans le film, Jean Veber s'est intéressé à la Culture Celte et aux Contes et Légendes de Bretagne. Les dessins que l'on peut voir dans le film sont tirés de véritables documents. Mais il a inventé une grande partie de la mythologie de l'histoire.