Malgré un sujet assez proche de son précédent film, Pascal Bonitzer a essayé au maximum de différencier Petites coupures de Rien sur Robert. Son personnage principal quitte Paris dès le début de l'histoire pour se rendre en province. Au lieu d'être partagé entre deux femmes, il hésite entre quatre : Emmanuelle Devos, Ludivine Sagnier, Pascale Bussières et Kristin Scott Thomas. Pour encore accentuer ce côté "foisonnant" de l'histoire, Bonitzer a tenu à ce qu'il y ait des personnages de toutes les générations représentés. On retrouve ainsi deux patriarches joués par Jean Yanne et Hanns Zischler et le fils du premier, Simon, interprèté par Jérémie Lippmann.
Les convictions communistes de Bruno donnent une dimension supplémentaire au personnage que le cinéaste voulait "totalement égaré". Elles sont aussi en rapport direct avec l'histoire de Pascal Bonitzer qui était critique aux Cahiers du cinéma dans les années 1970 durant leur période maoïste.
Avec Petites coupures, Pascal Bonitzer voulait se rapprocher par moment d'une atmosphère de conte fantastique. Ainsi dans une scène en forêt, le personnage principal se perd dans le brouillard avant d'arriver dans une sorte de château.
Arrivé au cinéma en tant que scénariste, Pascal Bonitzer accorde une très grande importance à la phase d'écriture : "je suis porté sur les dialogues. C'est ce qui me donne l'idée et la vérité des personnages. (...) Pour moi une scène est réussie quand on arrive à quelque chose d'inattendupar le dialogue. J'aime bien que le spectateur soit emmené quelque part, sans savoir très bien où, et que les choses basculent dans une dimension inattendue."
Attentif à la façon dont l'intrigue se développe, Pascal Bonitzer aime particulièrement faire circuler des objets. Dans Petites coupures, c'est notamment le cas d'une bague : "Cela me rassure dans l'écriture : à partir du moment où un objet comme la bague peut faire lien entre les personnages, alors je me dis qu'il y a une continuité et une logique. Même si les personnages font n'importe quoi, il ne se passe pas n'importe quoi."
Pascal Bonitzer a été impressionné par la performance de Kristin Scott Thomas dans Un été inoubliable de Lucian Pintilie (1993). Il a donc tout naturellement fait appel à elle pour interprèter Béatrice, "un mélange de distance, d'étrangeté, de classe et de légère folie".
L'idée de Petites coupures est venue à Pascal Bonitzer d'une des scènes de Rien sur Robert où Fabrice Luchini débarquait dans une maison où il n'était pas attendu et où tout le monde lui était hostile. A partir de cette situation, il a pensé aux premiers vers de La Divine Comédie de Dante : "Au milieu du chemin de notre vie, je me trouvai dans une forêt obscure, car j'avais perdu la voie droite..." Il est d'abord parti sur un scénario policier avant de connaître de nombreuses difficultés. Il a ensuite essayé d'orienter l'histoire dans d'autres directions sans trouver de solution. Après s'être cassé la jambe, Bonitzer a réfléchi à nouveau au projet et fit appel à Emmanuel Salinger. Là, il a repensé à une scène qu'il avait écrite il y a une dizaine d'année qui est la première du film. Il ne restait plus aux deux scénaristes qu'à imbriquer ces sources d'inspiration disparates pour obtenir un scénario homogène.
Pour l'aider à terminer son scénario, Pascal Bonitzer a fait appel à Emmanuel Salinger. Cet acteur aperçu notamment chez Arnaud Desplechin n'en est pas à son premier coup d'essai avec Petites coupures. Il est crédité comme co-scénariste sur La Sentinelle (1992), Oublie-moi (1995), N'oublie pas que tu vas mourir (1995) et L' Homme des foules (2000).
Pascal Bonitzer et Daniel Auteuil se connaissaient un peu depuis Ma saison preferee d'André Techiné auquel ils avaient tous les deux collaboré. En 1999, les deux hommes se sont revus et ont évoqué brièvement la possibilité d'un travail commun à l'avenir. Une fois le scénario de Petites coupures terminé, les producteurs du film l'ont envoyé à Daniel Auteuil qui a tout de suite accepté.
Pascal Bonitzer décrit le personnage de Bruno comme quelqu'un ayant "une grande difficulté à rester fidèle, à assumer ses choix, une grande faiblesse envers l'autre sexe et une dose raisonnable de lâcheté."
Pour Petites coupures, Pascal Bonitzer a fait appel pour la première fois à William Lubtchansky pour signer la photo du film. Le cinéaste connaît bien le technicien puisque celui-ci a travaillé à de nombreuses reprises avec Jacques Rivette, pour qui Bonitzer a écrit de nombreux scénarios.
Petites coupures est présenté en compétition officielle au Festival de Berlin 2003. Une première pour le cinéaste Pascal Bonitzer.