Réalisé en 1986, Le Château dans le ciel aborde déjà bon nombre de thèmes récurrents de l'oeuvre d'Hayao Miyazaki, qui seront découverts au fil des sorties de ses films. Déjà au coeur de l'intrigue, la destruction de la nature par la cupidité de l'homme évoque notamment Nausicaä de la vallée du vent (1984), le futur Princesse Mononoké (1997) et le pessimisme avoué de réalisateur. Ici, c'est surtout le danger du pouvoir, en l'occurrence celui du bijou de Sheeta, que le réalisateur a voulu souligner, notamment dans les séquences de fin du film. L'absence de manichéisme est également très présente, aucun personnage n'étant ni tout à fait blanc, ni tout à fait noir, comme ils ne le seront jamais dans Princesse Mononoke et surtout Le Voyage de Chihiro (2001). Seul exception, le manipulateur Muska, qui se révèle être l'un des rares personnages entièrement négatif de la filmographie d'Hayao Miyazaki. Autre thème central du film, l'aviation, une passion pour Miyazaki, que l'on retrouvera notamment dans Porco Rosso (1992). Enfin, comme dans la plupart des films du senseï (maître en japonais), ce sont les enfants qui sont les héros de l'intrigue du Château dans le ciel.
De son propre aveu, Le Château dans le ciel est le film préféré Hayao Miyazaki parmi tous ceux qu'il a réalisés. Le maître indique cependant également qu'il est celui qui a rapporté le moins d'argent lors de sa sortie au Japon.
Le Château dans le ciel est le premier film d'Hayao Miyazaki à avoir été réalisé pour le compte du légendaire studio d'animation Ghibli. En fait, le studio a été créé par Isao Takahata et Toshio Suzuki dans le but précis de pouvoir donner vie au Château dans le ciel. Le nom de la nouvelle société a été trouvé par Hayao Miyazaki lui-même, qui a repris celui d'un avion de reconnaissance italien.
Parmi les nombreuses sources d'inspiration évoquées par Hayao Miyazaki pour son Château dans le ciel, nombreuses sont celles qui remontent à l'enfance du maître de l'animation japonaise. Ainsi le réalisateur voulait-t-il évoquer un bijou aux pouvoirs magiques, comme celui de la petite Sheeta dans le film, après avoir lu une bande dessinée tournant autour d'un tel bijou alors qu'il était adolescent. Preuve de l'intérêt d'Hayao Miyazaki pour ce thème, le premier titre de travail du Château dans le ciel était Le jeune Pazu et le mystère de la pierre volante. Autre aveu du cinéaste, celui d'avoir pris sa mère comme source d'inspiration pour Dora, la chef des pirates, et ses trois frères pour celle des autres pirates, fils de Dora.
Le Château dans le ciel marque la deuxième collaboration d'Hayao Miyazaki avec le compositeur Joe Hisaishi, après Nausicaä de la vallée du vent en 1984. Ce dernier deviendra le compositeur attitré du réalisateur, avec notamment les bandes originales de Princesse Mononoké et du Voyage de Chihiro.
Réalisé en 1986 par Hayao Miyazaki, Le Château dans le ciel a dû attendre le mois de janvier 2003 pour enfin pouvoir sortir dans les salles françaises.
Pour s'assurer de l'authenticité des décors terrestres dessinés pour Le Château dans le ciel censé se situer à l'époque de la Révolution Industrielle, l'équipe du film s'est déplacée jusqu'au Pays de Galles sur les conseils du producteur Isao Takahata. L'ensemble des décors du début du film est notamment inspiré de la vallée de Rhondda.
L'idée de Laputa, l'île volante derrière laquelle courent tous les protagonistes du Château dans le ciel, provient des Voyages de Gulliver écrit par le révérend irlandais Swift, dans lesquels est mentionnée l'existence d'une île dans le ciel. De son propre aveu, Hayao Miyazaki n'a pourtant jamais lu l'intégralité des Voyages de Gulliver, mais une version raccourcie qu'il a découverte au lycée.
Pour sa première distribution internationale, Le Château dans le ciel s'est vu doté d'une nouvelle partition instrumentale, signée, comme l'originale, par Joe Hisaishi. Responsable des droits de distribution internationaux, Disney avait tout d'abord demandé au compositeur de ré-orchestrer sa première partition, mais celui-ci a finalement préféré en composer une nouvelle.