La Métaphysique du berger suit Boris, qui, après des études de philosophie, décide de devenir paysan saisonnier et berger sur les Hauts plateaux du Vercors. Pendant une saison, le réalisateur Michaël Bernadat l’accompagne dans sa tentative d’atteindre son idéal : vivre enmarge de la société de consommation et de la modernité pour s’épanouir dans une vie simple au contact des éléments. Il cherche à trouver sa place dans la nature, à vivre en accord avec elle, dans une simplicité volontaire, "sans traiter la Terre simplement comme une boule de matière."
Le projet est né d’une envie, chez Michaël Bernadat, de réaliser un court métrage documentaire sur quelqu’un qui quitterait la société comme si c’était la fin du monde : "La rencontre du réalisateur avec Boris est venue modifier ce projet initial puisqu’il m’a directement fait comprendre qu’il ne pouvait pas vivre sans le reste du monde. À la base, je cherchais à filmer une aventure avec de beaux décors. Quand je fais du cinéma, j’aime filmer debelles choses, et surtout de belles personnes. En rencontrant Boris, j’ai réalisé qu’il véhiculait un peu ce que je cherchais à trouver : une vie différente et surtout une manière différente de voir les choses. Je suis donc allé le voir une première fois dans les montagnes, sans le filmer, et là j’ai été soufflé."
Boris est le frère de l'ex-compagne de Michaël Bernadat. Ce dernier se rappelle : "La première fois que je l’ai rencontré ce fût dans une fête de famille. Quand j’ai commencé à construire le projet, j’ai directement pensé à lui pour le film."
L'idée première qu'avait Michaël Bernadat était de faire une adaptation documentaire du livre RAVAGE de Barjavel, où le monde a disparu. Il voulait imaginer que Boris vivait seul sur le plateau de la montagne sans électricité et sans les autres : "Mais quand je suis arrivé, Boris m’a directement partagé son besoin des autres et son impossibilité de vivre seul. En montant ces premières séquences, j’ai ressenti le besoin et l’envie de continuer à filmer. C’est quand j’ai décidé d’y retourner que le film est devenu un long métrage. Au fur et à mesure que Boris me parlait de sa vie et de tout ce qu’il allait faire, j’ai ressenti le très fort besoin de continuer le projet."
Au début du tournage, Michaël Bernadat est parti avec son ingénieur du son sur le haut-plateau pendant cinq jours. Ensuite, avec une petite équipe, les deux hommes y sont régulièrement retournés sur deux saisons, soit sur un an et demi selon les activités de Boris. "La fin du film s’est décidée tout naturellement lorsqu’il est redescendu de la montagne avec sa compagne.Pour moi, ce ne fût pas la fin de l’histoire de Boris mais la fin de mon film. Le film a été filmé entièrement en 50 millimètres. C’était une réelle volonté qu’il n’y ait pas de gros plans car j'ai voulu garder une vision à échelle humaine. C’est ce qui fait que dans le film rien ne paraît artificiel, il n’y a pas de plans aériens, ni de téléobjectif. C’est cette distance qui m’intéressait, une manière de filmer qui ramène une vision humaine."
A travers ce film, Michaël Bernadat a essayé de faire passer le message qu’il faut voir plus loin que ce que la vie nous fournit. Le metteur en scène a l’espoir qu’un jour les machines puissent aider les humains à s’épanouir et que l’argent soit mieux redistribué :
"S’accomplir, ce serait vivre heureux avec des moyens convenables sans avoir à aller faire un travail qui ne nous plaît pas. D’une manière douce, ce film cherche à emmener les gens à réfléchir au fait que l’on est sur terre pour s’accomplir. J’ai envie qu’on garde de la technologie ce qu’elle a de beau et qui peut servir à l’épanouissement des personnes. Il y a également la question de la prise de conscience de la valeur des choses. Par exemple, la scènede la mise à mort de la brebis dans le film montre crûment ce qu’est une mort. Comme le dit Boris, quand il tue un animal et qu’il le mange, il a vraiment la valeur de ce qu’est une mort."