Le tournage d'On va tout péter s'est déroulé en deux temps. La première partie a été tournée à Crépy-en-Valois, dans l’Oise, où Lech Kowalski s'était déjà rendu huit ans plus tôt pour filmer Sodimatex, une usine d'équipement automobile que ses salariés menaçaient de faire exploser. Le réalisateur n'avait rien fait de ses rushes et envisageait de revenir à Crépy-en-Valois pour observer ce qui était advenu aux anciens salariés. Il se souvient : "Puis un matin, ma productrice a entendu à la radio que des salariés menaçaient de faire péter leur usine à La Souterraine, dans la Creuse. Exactement ce qui s’était produit huit ans plus tôt dans l’Oise ! J’ai alors eu l’idée d'emmener deux anciens salariés de Sodimatex avec moi à La Souterraine". C'est là qu'a débuté, durant sept mois, la deuxième partie du tournage.
Le réalisateur a été arrêté au cours d’une action des salariés à la Préfecture de Guéret.
Lech Kowalski est anglophone donc ne saisissait pas vraiment ce qui se disait sur le tournage. Pourtant, il explique que ce n'était pas un problème pour lui : "La plupart des documentaristes s’intéressent surtout aux mots, à ce que les gens disent. Ce qui m’intéresse davantage, moi, c’est le contexte des mots. C’est ça, le cinéma, à mes yeux. Le cinéma documentaire, c’est comprendre l’endroit dans lequel on filme, comprendre ce qui s’y passe".
Lech Kowalski a pris soin de ne pas faire émerger de leader au sein des salariés lors du montage. Il explique : "Il ne faut pas créer de dramaturgie autour d’un ou deux personnages principaux : c’est une construction abstraite qui s’est imposée dans le cinéma et qui vient du théâtre, où il faut un protagoniste. Je ne voulais pas faire ça. Le plus important, c’est qu’ils soient tous des protagonistes, puisque c’est un collectif".