Yura, le petit héros de Jésus, se trouve confronté à deux univers qui lui sont totalement étrangers : il vient de la ville et ne connaît rien de cette campagne dans laquelle sa famille s’installe pour se rapprocher de sa grand-mère ; et il ignore tout de cette nouvelle pratique religieuse à laquelle l’invite son nouvel établissement. "C’est comme si Yura prenait la main du spectateur et le conviait à se poser les questions que lui-même se pose sans d’ailleurs toujours y répondre. Jésus ne cherche pas à délivrer de message précis, mais plutôt à ouvrir des pistes de réflexion", précise Hiroshi Okuyama.
Hiroshi Okuyama dédie son film Jésus à un ami "parti trop tôt". Le metteur en scène explique : "Comme Yura, je suis passé brutalement d’une école laïque de quartier à une école protestante à la campagne, avec le choc et le décalage que cela suppose – je n’oublierai jamais l’excitation éprouvée en découvrant cette religion ! Et, comme Yura, j’ai également perdu mon meilleur ami dans un accident de la route durant ma scolarité. J’ai souhaité réunir ces deux événements dans le récit."
Dans le film, Jésus est représenté sous des traits originaux. Hiroshi Okuyama explique pourquoi il lui a donné une telle apparence : "C’est un Jésus ludique - ce n’est évidemment pas une représentation du vrai Jésus Christ ! - C’est l’ami imaginaire de ce petit garçon, presque un jouet, né de sa seule imagination. Pour le réaliser, l’équipe du film a utilisé une technique d’incrustation (le « chroma key ») qui a permis à l’acteur interprétant Jésus de jouer les scènes en studio, où il a été synthétisé pour ensuite être incorporé à l’image."
Majoritairement bouddhiste et shintoïste, le Japon ne compte que 1% de chrétiens dont une moitié de catholiques et une moitié de protestants.
Sur Jésus, Hiroshi Okuyama est scénariste, directeur de la photograhie, monteur et réalisateur. Il confie au sujet de cette quadruple casquette : "C’était assez amusant de connaître et d’être capable d’assumer tous ces postes, mais il y avait quand même des moments où je me suis senti seul. L’équipe du film, sans laquelle rien n’est possible, m’a épaulé. Elle et moi avons travaillé en étroite collaboration et elle m’a permis d’élargir ma vision du film. De cela, je lui suis très reconnaissant."
Hiroshi Okuyama a choisi Yura Satô et Riki Ôkuma (qui interprètent Yura et Kazuma) après avoir auditionné 70 enfants. Pour qu’ils deviennent proches et complices sur le plateau, le metteur en scène a beaucoup joué avec eux. Il se rappelle : "Nous nous arrangions pour qu’ils aient de petits secrets à partager. Cela a créé une grande connivence entre eux. Ils sont vraiment devenus amis."
Si la mise en scène de Jésus évoque la fraîcheur de nombreux films de Hayao Miyazaki, Hiroshi Okuyama s'est aussi inspiré de la trilogie de Roy Andersson (Chansons du deuxième étage Nous, les vivants et Un pigeon perché sur une branche philosophait sur l'existence) et de la série de Hideaki Anno, L’Evangile du nouveau siècle. "En termes de mise en scène, Hirokazu Kore-Eda, dont j’ai étudié le travail à l’université, a été une vraie influence. Par exemple, il ne donnait jamais le scénario aux enfants et c’est exactement comme cela que j’ai procédé. Je ne leur expliquais les scènes qu’au moment où nous devions les tourner."