L'Orphelinat s'inspire des souvenirs d'enfance d'Anwar, ami de la réalisatrice Shahrbanoo Sadat. Celle-ci a procédé à des changements pour trouver le bon équilibre entre la réalité et la fiction. Elle a ainsi réduit le nombre de personnages et raccourci la période historique pour en faire une période fictionnelle : "Je voulais rendre le film plus accessible pour le public international, mais sans oublier une seconde le public afghan". Anwar étant fan de Bollywood, elle a aussi ajouté des séquences musicales.
Bollywood a une influence cinématographique très importante en Afghanistan, si bien que presque tous les Afghans savent parler Urdu à force de regarder ces films indiens selon la réalisatrice. Elle revient sur l'attraction qu'exerce le cinéma indien musical : "Ce que Bollywood montre fascine les gens. Rêver, vivre une vie qui n’est pas possible en réalité, les amitiés, l’amour ou une vie parfaite. Les choses dont les gens manquent dans leur vie réelle surtout si vous vivez dans un pays en guerre comme l’Afghanistan où vous n’avez pratiquement pas accès aux droits fondamentaux".
Le film a été tourné au Tadjikistan avec des acteurs non-professionnels afghans. Les processus d’obtention de passeport et de visa ont été un véritable cauchemar pour l'équipe. Les scènes bollywoodiennes ont quant à elles été filmées en Allemagne et au Danemark. Il a fallu faire des demandes d’entrée dans l’espace Schengen mais c’était impossible depuis Kaboul. Shahrbanoo Sadat se souvient : "il a fallu se rendre au Pakistan et pour entrer au Pakistan, nous avions besoin de visa... L’ambassade du Danemark a refusé notre visa la première fois et nous avons dû faire une pause de 4 mois entre deux tournages pour obtenir les visas des acteurs principaux".
L'autre difficulté était que la réalisatrice était seule pour faire le film et a dû se débrouiller sans directeur artistique. Elle a rassemblé, avec son ami Anwar, chaque accessoire et chaque costume. Avec un groupe d’ouvriers du bâtiment avec lequel elle avait travaillé sur son film précédent, elle a transformé une ancienne maison close en un orphelinat.
La réalisatrice a dirigé les mêmes jeunes acteurs non professionnels que dans son premier long métrage, Wolf and Sheep.
Chaque scène dramatique est suivie par une scène chantée façon Bollywood. Si la réalisatrice a choisi cette construction, c'est pour ne pas donner la priorité à la guerre. Elle explique : "Ce qui m’intéresse c’est l’état d’esprit dans lequel sont les habitants et les survivants. J’habite à Kaboul, il s’y passe des tas de drames chaque jour. Quand vous sortez de chez vous, vous n’êtes pas sûrs de revenir. On sait tous qu’il y a la possibilité de se faire tuer dans la journée lors d’un bombardement, mais on vit avec. Personne n’a peur, personne ne panique".
L'Orphelinat a été présenté à la Quinzaine des réalisateurs, l'une des sélections parallèles du Festival de Cannes.