La réalisatrice Anja Kofmel a décidé de consacrer son film à son cousin Chris (Christian Würtenberg) dont le meurtre, alors qu'elle n'avait que dix ans, a marqué son enfance. Journaliste, Chris avait infiltré le PIV (Prvi Internationalni Vod), un groupe de mercenaires lié à l’organisation ultra-catholique Opus Dei. Lorsque son fondateur Eduardo Flores est tué en 2009, Kofmel décide de faire de l'histoire de son cousin un film, d'autant plus que ce dernier a été déclaré mercenaire tué au combat et qu'aucune enquête n'a été réalisée sur les conditions de sa mort.
La réalisatrice revient sur son choix de réaliser un documentaire animé : "Je traite mes recherches et mes rencontres avec des témoins contemporains à la manière d’un documentaire classique, tandis que l’animation me permet d’interpréter l’histoire et de représenter, d’un point de vue subjectif, la cruauté et le désespoir associés à la guerre".
Par le biais de leur société Dschoint Ventschr Filmproduktion, les producteurs cherchent à soutenir des films qui prennent clairement position sur des sujets politiques et des réalisateurs qui entendent changer la société grâce à leur travail. Ils ont remarqué la réalisatrice grâce à son précédent court-métrage, Chrigi.
Alors que Chris the Swiss était en postproduction, la production a rencontré de plus en plus de problèmes d'ordre politique. Le nouveau gouvernement de la Croatie n’appréciait pas que le film traite de divers problèmes causés par la guerre. La production a même été interrompue en 2016 à cause de manifestations contre la fondation cinématographique qui soutenait le projet, poussant son directeur à démissionner.
Il a fallu sept ans à Anja Kofmel pour mettre au point Chris the Swiss : "La production a été difficile. C’était mon premier long-métrage depuis l’école, mon premier documentaire. Je n’avais jamais écrit de scénario auparavant. Beaucoup de nouveaux éléments sont arrivés en même temps. Qui plus est, durant la production, nous avons rencontré divers problèmes, dont la plupart n’étaient pas de notre fait, mais relevaient de circonstances extérieures et de questions politiques".