La réalisatrice Claudia Huaiquimilla et le producteur Pablo Greene ont écrit ensemble Mala Junta. Ils avaient déjà collaboré sur le court-métrage San Juan, la noche mas larga et ont décidé de continuer à s'intéresser à la confrontation entre deux mondes, du point de vue de deux adolescents et de l’influence qu’ils avaient l’un sur l’autre. Mala Junta est le premier long de Claudia Huaiquimilla.
La réalisatrice souhaitait évoquer ses origines mapuches à travers Mala Junta. Les Mapuches forment un ensemble de communautés aborigènes de la zone centre-sud du Chili et de l'Argentine. Depuis plus d'un siècle, les Indiens Mapuches du Chili réclament la restitution de leurs terres et la fin de la répression dont ils font l’objet. La cinéaste explique : "j’ai à penser à propos du conflit qui secoue mon pays et plus particulièrement à ce qui se passe sur les terres de ma famille. Le court-métrage comme Mala Junta, ont été filmés sur les territoires ancestraux de ma famille, qui sont le théâtre d’une dévastation sans précédent due aux grandes usines de cellulose. J’avais besoin de m’exprimer à ce sujet et de dénoncer cette situation."
Mala Junta mêle des acteurs non-professionnels (Eliseo Fernandez), des débutants (Andrew Bargsted) et des comédiens connus et confirmés au Chili (Francisco Pérez-Bannen, Francisca Gavilán, Ariel Mateluna, Sebastián Ayala). La réalisatrice témoigne : "Cette mixité entre des personnes expérimentées, un jeune professionnel comme Andrew et le naturel de Cheo a été très agréable pour le travail. Chacun avait à apprendre à l’autre. Alors que Cheo apprenait des techniques d’Andrew, Andrew a profité du calme et du naturel de Cheo. Pour ma part, j’ai appris de chacun d’entre eux."
Avec Mala Junta, la réalisatrice tenait à montrer le sud du Chili tel qu'il l'est vraiment, loin des images de carte postale montrées par la télévision et la publicité. Il s'agit d'un vrai choix politique que de filmer "le vrai Sud, avec des gens vrais et leurs couleurs, sans porno-pauvreté et sans beauté touristique, avec ces forêts indigènes qui sont détruites par l’industrie de la cellulose et une situation de soi-disant « progrès » qui ne profite qu’à une minorité."