Les Aventures de Mark Twain est l'un des premiers longs-métrages entièrement réalisé avec la technique du l'animation de l'argile en stop-motion. Il s'agit de la technique de prédilection de Will Vinton.
Lorsque les personnages cherchent à lâcher du lest pour attraper la comète, Mark Twain jette par dessus-bord un typographe Paige, l'ancêtre de nos imprimantes, en s'exclamant "Le pire investissement que j 'ai jamais fait!". Il s'agit d'un clin d'oeil à une véritable anecdote : en 1889, Twain avait investi dans ces machines qui lui semblaient prometteuses, mais a ensuite perdu énormément d'argent lorsqu'une nouvelle machine, la machine Linotype, bien plus performante, est arrivée sur le marché et s'est appropriée les parts de marché enviées par l'écrivain.
Une version différente a été diffusée à la télévision, car les chaînes craignaient que certains contenus puissent heurter les enfants, notamment le passage du "mystérieux étranger".
Le titre du film se veut l'écho des titres des romans les plus emblématiques de Mark Twain : Après "Les Aventures de Tom Sawyer" et "Les Aventures de Huckleberry Finn" vient Les Aventures de Mark Twain...
Les Aventures de Mark Twain reprennent les personnages les plus célèbres du romancier : Tom Sawyer, le jeune garçon indiscipliné et avide d'aventure, sa "fiancée" Becky Thatcher, Huck Finn, qui échappe à son père violent et alcoolique et descend le Mississipi avec un esclave en fuite, ou encore Jim Smiley, le parieur compulsif dans "La Célèbre Grenouille du Comté de Calaveras".
Les Aventures de Mark Twain mettent en scène le célèbre écrivain et ses personnages s'envolant en quête de la comète de Halley, qui met plus de 70 ans pour effectuer une rotation complète autour du soleil, et que l'on peut parfois voir passer depuis la Terre. La raison de ce scénario est que Mark Twain a pour particularité d'être né et mort les années de passage de cette comète, 1835 et 1910 (Elle n'est plus réapparue depuis 1986).