Les Enfants de la rose verte n'est pas le premier documentaire que consacre Bernard Richard aux enfants autistes. Il sortait en effet en 2010 un premier long-métrage abordant le sujet, Solstice - Les enfants de la Parole, sur une institution autogérée soignant les enfants autistes selon les méthodes de la psychothérapie institutionnelle.
Il existe deux méthodes de recherches et de cures quant à l'autisme chez les enfants : la thérapie comportementale vise à concrètement modifier le comportement inadapté, alors que la thérapie psychanalytique cherche à faire revenir au niveau conscient les conflits et traumatismes enfouis dans l’inconscient à l’origine de troubles psychiques. Lui-même oncle d'un enfant autiste, Bernard Richard est un partisan de cette seconde méthode, privilégiée au sein de l'hôpital de la rose verte. Ce dernier organise notamment des sorties, par exemple spéléologique, visant à faire prendre conscience aux enfants de leur corps et environnement.
Les deux méthodes de traitement de l'autisme s'avèrent ne pas pouvoir cohabiter. Le réalisateur Bernard Richard s'exprime sur le sujet, considérant le comportementalisme comme une sorte de dressage de l'enfant : "face aux lobbyistes qui souhaitent faire une proposition de loi, portée par le député Fasquelle (UMP), pour interdire la psychanalyse dans les hôpitaux de jour, je voulais montrer comment les praticiens remplissent-ils leur mission, quelle thérapeutique est mise en oeuvre et ses résultats. Je ne rejette pas totalement le comportementalisme. C’est valable en cas de crise, dans certaines situations précises. Mais ça ne soigne pas l’enfant". Les enfants de la rose verte est alors une sorte de plaidoyer en faveur de la théorie psychanalytique, cherchant à en démontrer l'efficacité et la justesse.
Le tournage dura neuf semaines, en majorité au sein de l'hôpital de jour La rose verte, à Alès, dans les Cévennes. L'une des pédopsychiatres du centre, Marie Allione, explique que c'est au travers d'activités très diverses, allant du dessin, au jardinage, de la musique au bricolage, que les enfants sont censés s'ouvrir : "Ils ont du mal à s’exprimer, on les aide à construire le récit de leur journée. Avec l’atelier danse, on leur apprend le lâcher prise, le partage. Avec le camp, un nouveau lien se tisse avec les animateurs et les autres enfants. C’est très important. La complémentarité de ces activités contribue à la thérapie". Ainsi, le film donne à voir les coulisses d'une chronique quotidienne, soutenue par les témoignages des parents intervenant dans le film.
L'autisme est une maladie portant sur un trouble du comportement social. Assimilée pendant des années à une forme de schizophrénie infantile, son encadrement et ses limites sont encore aujourd'hui sujets à controverses, mais le trouble autistique est reconnu depuis 1983, lorsque Lorna Wing remit à jour les travaux de 1943 d'Hans Asperger. Reconnu comme un handicap en France depuis 1996, il fut déjà maintes fois mis en scène dans diverses fictions, comme Rain Man (1989), et dans des documentaires tels que "Hors du langage, un territoire" (2010) de Fernand Deligny, se déroulant également dans les Cévennes.