En raison des révélations "choc" que fait le documentaire sur les OGM, le cinéaste Jean-Paul Jaud a travaillé dans le secret le plus absolu, gardant le silence sur l'étude scientifique menée par le Professeur Séralini, qui a lui-même pris d'énormes risques en se procurant clandestinement des échantillons de maïs transgénique. Plusieurs individus ont par ailleurs requis l'anonymat après avoir fourni des informations. Face à l'omerta qui pèse sur le sujet, le documentaire a donc été tourné dans la plus grande discrétion. Pour preuve : le réalisateur et le biologiste ont tenu à communiquer avec prudence, sans même s'échanger aucun mail ni aucun coup de téléphone afin d'éviter au maximum les ennuis éventuels. Et les mesures de sécurité ne se sont pas arrêtées là ! Chaque soir, les rushes de la journée étaient mis à l'abri dans... un coffre fort !
Écologiste convaincu, Jean-Paul Jaud n'en est pas à son coup d'essai, puisque Tous cobayes ? est son troisième film sur le sujet. Il avait déjà réalisé Nos enfants nous accuseront (2008) et Severn, la voix de nos enfants (2009) afin d'alerter l'opinion publique. Le documentariste déclare avoir été sensibilisé à l'écologie dès son plus jeune âge, alors qu'il passait ses vacances dans la ferme de son grand-père. Il ajoute : "Ma fibre écolo s'est surtout développée à la naissance de notre fille, aux lendemains de Tchernobyl. Le nucléaire a ainsi été un des éléments déclencheurs de ma prise de conscience environnementale."
Sur la planète people, l'écologie semble être une source de préoccupation importante : Jean-Paul Jaud n'est en effet pas le seul à alerter l'opinion ! On peut ainsi citer l'engagement de longue date de Leonardo DiCaprio qui a d'ailleurs coécrit La 11e Heure, le dernier virage sur le sujet, mais aussi celui de Jessica Alba, qui s'est récemment lancée dans le commerce bio, sans oublier les indétrônables Nicolas Hulot ou encore Yann Arthus-Bertrand.
Le cinéaste, passionné par le Japon, trouve beaucoup de résonances entre le cinéma japonais et la cause environnementaliste. Selon lui, Rêves d'Akira Kurosawa aborde une multitude de sujets environnementaux comme le nucléaire et le respect de la biodiversité, tout comme Les Sept Samouraïs, qui met en scène un village paysan luttant contre des bandits qui pillent leurs récoltes de riz et ravagent régulièrement le village.
Au départ, Jean-Paul Jaud tenait à ce que Tous Cobayes ? soit prêt à sortir sur les écrans avant l'élection présidentielle de mai 2012, mais c'est finalement trois mois plus tard que son film a pu voir le jour.
Avant de s'orienter radicalement vers l'écologie, Jean-Paul Jaud a fait une école de cinéma et a réalisé quelques documentaires sportifs, notamment pour la chaîne Canal +.