La Vierge, les Coptes et Moi est le premier long métrage de Namir Abdel Messeeh. Après avoir suivi des études à la Fémis, le réalisateur égyptien s'est lancé dans la pratique en 2005 en réalisant un court métrage intitulé Quelque chose de mal, suivi du documentaire Toi, Waguih. Il a par la suite consacré trois ans à la réalisation de ce film.
Au départ, Namir Abdel Messeeh a voulu réaliser un documentaire sur les apparitions de la Vierge en Égypte. En allant à la rencontre de ses proches, qui ont vécu ces apparitions, pour les interroger, le projet a pris une toute autre tournure pour le cinéaste, devenant une sorte de "fiction" dans laquelle on le voit en train de mener son enquête : "Il y a eu un premier repérage, puis je suis rentré en France avec une matière qui m’a permis ensuite de réécrire et réorienter le récit pour lui donner une cohérence. Là, l’écriture s’est apparentée à celle d’un scénario de fiction. Petit à petit, j’ai compris que je devais être un des personnages du film", confie-t-il.
La modification du projet pendant le tournage a mis Namir Abdel Messeeh face à plusieurs difficultés au moment du montage. En effet, il lui a fallu tout unifier, pour que le spectateur ne ressente pas les deux approches distinctes qui étaient apparues pendant le tournage : "Atteindre cette cohérence était un vrai enjeu pour moi. Pour y arriver, on a travaillé le montage pendant un an", souligne le réalisateur.
Siham, la mère du réalisateur, ne savait pas du tout qu'elle allait faire partie du film. Dès le départ, elle n'était pas d'accord pour que son fils mène une enquête sur les apparitions de la Vierge en interrogeant les villageois et les proches de sa famille : "Je trouvais la situation dure et difficile, et j’ai décidé de partir avec toi et ton équipe de deux personnes. Avec à peine de quoi vous payer à manger pendant la durée du tournage. Je pensais t’aider. Et je découvre que je suis un personnage du film", dit-elle en s'adressant à son fils.
Outre les scènes qui ont été préparées à l'avance, il y a dans le film plusieurs moments qui ont été captés à l'improviste : "Ces moments-là sont vraiment des moments de magie, où tout s’organise comme on l’aurait espéré", partage Namir Abdel Messeeh. Le réalisateur cite comme exemple une scène où il se rend dans son village et où il rencontre son cousin et un monsieur qu'il connaissait quand il était petit. La scène n'était pas du tout prévue dans le tournage.
Le réalisateur s'est servi du programme Skype à plusieurs reprises pour son film, notamment pour enregistrer les moments où il discute avec sa mère. Cette dernière, n'étant pas au courant que leurs discussions étaient enregistrées via le logiciel, a été surprise de le découvrir le jour de la première projection du film.
Pour La Vierge, les Coptes et Moi, Namir Abdel Messeeh a fait partie de la délégation artistique du Festival international du film de Berlin en 2012.
Après avoir décroché le prix du Meilleur documentaire au Doha Tribeca Film Festival en 2011, La Vierge, les Coptes et Moi a fait partie de plusieurs festivals dans le monde. Il a ainsi été accueilli à Sydney (Festival du film de Sydney - 2012), New York (Festival du film Tribeca - id.) et Istanbul (Festival International du Film d'Istanbul - id.). Le film a également attiré l'attention lors de la 65e édition du Festival de Cannes en étant sélectionné par l'ACID (Association du Cinéma Indépendant pour sa Diffusion).