Jean-Pierre Bacri explique que pour écrire le scénario de Au bout du conte, lui et Agnès Jaoui ont utilisé comme point de départ le stéréotype de base d'un épilogue de conte, et l'ont ensuite interrogé pour en tirer l'histoire du film : "Vivre heureux et avoir beaucoup d’enfants, ça nous paraissait aller un peu vite en besogne : il y a toute la vie à faire… Et dans la réalité, une fois que tu as rencontré ton prince ou ta princesse charmant(e), il se passe quoi ? Il se passe quoi une fois le livre refermé… ?"
Au bout du conte est un film sur l'amour, sur le couple, mais aussi sur la croyance sous toutes ses formes : "On voulait une sorte de variation sur le couple tel qu’il est ou tel qu’il devient, et sur l’amour en général", raconte Jean-Pierre Bacri. "On a voulu réfléchir à la croyance, à partir du conte. On s’est amusé à traiter toutes les formes de foi et de croyances : la rumeur, les superstitions, ce qui reste des contes de fées dans la tête des gens, malgré eux. Il semble qu’on ne puisse pas faire autrement que de croire en quelque chose. On voulait parler de la nécessité ET de l’absurdité de la croyance. Et l’amour, au fond, c’est la crédulité la mieux partagée, c’est le conte de fées que chacun ou presque peut vivre au quotidien", précise la réalisatrice Agnès Jaoui.
Comme le souligne Jean-Pierre Bacri, le casting du film est composé d'acteurs assez "singuliers" : des "jeunes" (Agathe Bonitzer, Arthur Dupont, Nina Meurisse, Clément Roussier) aux "moins jeunes" (Benjamin Biolay, Didier Sandre, Beatrice Rosen, et bien sûr Jean-Pierre Bacri et Agnès Jaoui).
L'utilisation de la forme du conte paraissait être de circonstance aux yeux d'Agnès Jaoui. En effet, à une époque un peu sombre, il permet d'illustrer un certain nombre d'angoisses d'une manière plus détournée (dans Au bout du conte, le conte permet aussi de déconstruire le mythe du prince charmant).
Comme l'explique la réalisatrice Agnès Jaoui, c'est une comédie musicale qui a plus particulièrement inspiré le film : "L’une des inspirations d’Au bout du conte est "Into the woods" de Stephen Sondheim - un compositeur dont Resnais est fan et qu’il m’avait fait découvrir. C’est une comédie musicale merveilleuse, où plusieurs personnages de contes se croisent dans un bois."
Agnès Jaoui révèle avoir introduit de très nombreuses références aux contes dans son film : "J’avais envie qu’il y ait plein de références aux contes, plus ou moins cachées, jusque dans la figuration, les enseignes des cafés, les noms des personnages. Il doit y en avoir plus d’une centaine…"
Pour s'immerger dans l'univers du conte, les deux auteurs du film se sont replongés dans ses représentations au cinéma, avec des films s'en rapprochant, de près ou de loin : "On a revu un certain nombre de films où il y avait une part de fantastique ou de merveilleux. Et les grands classiques : Cendrillon, Peau d'âne, La Belle et la bête, etc., mais aussi Quand passent les cigognes, certains Tarkovski", précise la scénariste-réalisatrice.
C'est la première fois qu'Agnès Jaoui collabore avec le chef opérateur Lubomir Bakchev. Ce dernier a travaillé notamment avec des personnes comme Julie Delpy et Abdellatif Kechiche. La réalisatrice et le directeur de la photographie ont en commun de très bien connaître et de beaucoup apprécier le cinéma russe.
Au bout du conte a la particularité de comporter plus d'effets esthétiques qu'à l'accoutumée chez Agnès Jaoui : mouvements de caméra, zooms, effets sonores, etc. La cinéaste confie s'être effectivement beaucoup débridée sur le plan des expérimentations stylistiques.
Les scénaristes confient tous les deux être de grands rationalistes. Toutefois, Jean-Pierre Bacri raconte que lorsqu'il avait une quinzaine d'années, un homme lui a prédit la date de sa mort, et que, malgré lui, cela lui est quand même resté en mémoire.
C'est dans Au bout du conte qu'Agnès Jaoui donne pour la première fois une place importante aux enfants. Pour cause, son évolution personnelle : "Tant qu’on voyait ça de loin, on n’arrivait pas à écrire sur les enfants. Mais on a vieilli, eu ou côtoyé des enfants, il fallait donc qu’il y en ait dans nos films (...). On voulait aussi aborder la défaillance des parents."
La musique joue un rôle essentiel dans Au bout du conte. Elle a été composée par Fernando Fiszbein, qui est aussi directeur musical du groupe d'Agnès Jaoui (Le Quintet Oficial). Les inspirations musicales du film se situent dans la comédie musicale de Stephen Sondheim et la musique du Cendrillon de Walt Disney.