The Master a été tourné en 70mm, un format qui n'est plus utilisé dans le milieu cinématographique. Dans les années 60, il a servi pour de nombreux films comme Lawrence d'Arabie (1962) de David Lean ou 2001 : l'odyssée de l'espace (1968) de Stanley Kubrick. Au départ, Paul Thomas Anderson ne pensait pas tourner en 70mm mais après différents tests, il a été convaincu : "Ce format donne une image d’une netteté fantastique (...) les objets semblaient anciens sans avoir l’air d’être surannés ou de faire partie d’une reconstitution d’un style particulier", explique-t-il.
Paul Thomas Anderson cite comme influences pour The Master aussi bien les romans de John Steinbeck que les histoires qu'a pu lui raconter l'acteur Jason Robards, soldat lors de la guerre du Pacifique.
Dès l'écriture du scénario, Paul Thomas Anderson désirait faire tourner Joaquin Phoenix, désir qui ne date pas d'hier : "Cela fait 12 ans que je lui demande de jouer dans mes films mais il a toujours eu une raison de refuser. Je suis simplement reconnaissant qu'il ait accepté cette fois-ci", explique le réalisateur.
Pour entrer dans la peau de Freddie Quell, Joaquin Phoenix a dû perdre 15 kilos : "Il s'agissait moins de perdre du poids que d'utiliser la maigreur pour modifier ma façon de bouger, de me tenir, de ressentir". Cette idée lui est venue après la découverte du documentaire On the Bowery (1956) sur des alcooliques de cette époque : "J'ai été frappé par la grande maigreur et la fragilité de ces hommes pollués, cassés, en mauvaise santé", explique-t-il.
Pour recréer au mieux les États-Unis des années 40 et 50, le chef décorateur Jack Fisk et Paul Thomas Anderson ont dû partir en repérages un an avant le tournage. The Master a été tourné en Californie, de la baie de San Francisco aux déserts du Sud de l’État, en passant par Hawaï.
C'est la troisième fois après La Guerre selon Charlie Wilson (2007) et Doute (2008) que Philip Seymour Hoffman et Amy Adams ont tourné ensemble dans un film.
Le personnage interprété par Philip Seymour Hoffman possède un bateau qui a appartenu au président américain Franklin Delano Roosevelt entre 1936 et 1945. Il a ensuite été vendu à Elvis Presley.
C'est la deuxième fois que le musicien Jonny Greenwood compose la bande-originale d'un film de Paul Thomas Anderson après celle de There Will Be Blood en 2007. Greenwood s'est inspiré du travail d'un musicien des années 50, Otto Luening, pionnier de la musique électronique : "Une partie de la musique du film a été enregistrée grâce à une technologie similaire, en jouant avec la vitesse des bandes, le sens de défilement et d’improbables techniques de micro", explique le compositeur.
Initialement pressenti pour le rôle finalement échu à Joaquin Phoenix, Jeremy Renner n'a pu ajuster son calendrier pour cause du tournage de Jason Bourne : l'héritage. Mais il n’est pas le seul à avoir fait faux bond à Paul Thomas Anderson, puisque Robert Elswit, son habituel chef opérateur, était lui aussi déjà engagé sur le film de Tony Gilroy.
The Master marque la cinquième collaboration entre Paul Thomas Anderson et l'acteur Philip Seymour Hoffman après Hard Eight (1996), Boogie Nights (1997), Magnolia (1999) et Punch-drunk love - Ivre d'amour (2002).
Si de nombreux critiques ont cru voir un rapport entre l'histoire de The Master et celle de Ron Hubbard, le fondateur de la Scientologie, ce n'est pas le cas de Paul Thomas Anderson : "(...) je n'ai pas pensé à la scientologie. J'ai eu une approche très psychologique, pas du tout sociologique. Je ne pense pas décrire un phénomène américain. Cela pourrait se passer n'importe où", explique-t-il.
"L’Eglise de scientologie" a vu trop de ressemblances entre The Master et la naissance de leur mouvement. Ils ont donc tenté de contre-attaquer : des personnes soupçonnées d'appartenir au mouvement religieux auraient ainsi passé des appels anonymes et inondé de mails la Weinstein Company, qui distribue le film aux États-Unis.
The Master marque le retour de Joaquin Phoenix dans la peau d'un personnage après avoir joué son propre rôle dans le film I'm Still Here - The Lost Year of Joaquin Phoenix (2010) et annoncé en 2008 qu'il arrêtait sa carrière d'acteur.
Le film a remporté deux prix à la Mostra de Venise 2012 : le Lion d’argent récompensant la mise en scène de Paul Thomas Anderson, et le Prix d’interprétation masculine, décerné ex-aequo à Philip Seymour Hoffman et Joaquin Phoenix. Le Lion d’or, récompense suprême, est revenu à Pieta, de Kim Ki-duk. Selon diverses déclarations, ce palmarès largement contesté fut le fruit de calculs un brin surprenants : le jury présidé par Michael Mann aurait dans un premier temps décerné le Lion d’or au film de Paul Thomas Anderson. Mais constatant qu’on ne pouvait coupler cette récompense avec un Prix d’interprétation (en vertu d'une règle de non-cumul), les jurés auraient finalement choisi de "rétrograder" The Master, afin de pouvoir récompenser également ses acteurs.
Le cinéaste a eu l'idée du film une dizaine d'années plus tôt.
Autrefois acteur pour Paul Thomas Anderson (Magnolia), Tom Cruise serait sorti très mécontent d'une projection de The Master. L’éminent ambassadeur scientologue aurait quelques « problèmes » avec certaines scènes du film, lequel évoque (tout en prétendant ne pas le faire mais en le faisant quand même) la Scientologie et son fondateur Ron Hubbard, dont est inspiré le personnage campé par Philip Seymour Hoffman — un habitué de PTA, qui avait (déjà) torturé Tom Cruise/Ethan Hunt dans Mission: Impossible III.
The Master a été classé meilleur film 2012 par "Sight and sound", la célèbre revue du British Film Institute.