Yuki et Nina a été présenté à la Quinzaine des Réalisateurs 2009, section parallèle du Festival de Cannes.
C'est au cours de conversations entre Hippolyte Girardot et Nobuhiro Suwa que le projet a vu le jour. Le Français se souvient : "Un jour je lui ai raconté une expérience particulière que j'avais eue, avant même d'être comédien : j'avais réalisé des films en super 8 à partir de travaux d'improvisation faits avec de jeunes adolescents. Ça l'avait beaucoup intéressé. Plus tard, il m'a rappelé (...) il m'a parlé de son désir d'écrire une histoire tous les deux et de la coréaliser. J'ai trouvé ça tellement improbable et étonnant que j'ai tout de suite accepté. C'était une nouvelle expérience pour moi, et ça me plaisait." C'est ainsi qu'après 35 ans de carrière d'acteur ( Le Bon Plaisir, Un Monde sans pitié, La Fille de l'air, Rois & reine...), Hippolyte Girardot fait ses premiers pas derrière la caméra.
Les co-réalisateurs précisent leurs intentions : "Notre idée était de rester d'emblée à cette hauteur d'enfant dans la compréhension du monde, de ne pas tirer la narration du film vers l'histoire d'un couple qui se sépare", explique Hippolyte Girardot. "D'une part parce que c'était quelque chose que Suwa venait de faire, d'autre part parce que je pense que l'endroit où l'on pouvait se retrouver, c'était plus à l'endroit de l'enfant qu'à celui des parents. Notre expérience la plus commune, c'était d'avoir été enfant." Nobuhiro Suwa ajoute : "L'une des premières discussions que nous avons eue avec Hippolyte, c'était que lui et moi, nous étions pères. A partir de là, nous avons eu plein de discussions pour écrire le scénario, mais finalement, plutôt que de parler de la relation père-enfant, il fallait juste donner la vision de l'enfant (...) Je crois qu'en général, ils sont montrés selon le point de vue des adultes et comme les adultes les interprètent : c'est une vision des enfants intériorisée par les grandes personnes."
Réaliser un film à deux n'est déjà pas si fréquent, mais à plus forte raison lorsque les deux cinéastes sont de nationalité différente... "Comme le film se passe majoritairement en France, la grande difficulté a été de faire la préparation alors que nous n'étions pas ensemble", souligne Hippolyte Girardot. "Etant sur place, j'ai pris la responsabilité d'engager beaucoup de décisions. Mais finalement, quand Suwa venait, cela créait aussi une réflexion commune (...) Pour le montage, on n'a pas pu être ensemble, à nouveau. On a fabriqué une sorte de montage en parallèle. Suwa montait au Japon, et moi en France, et nous échangions des fichiers. C'était probablement la partie la plus difficile parce que nous avions vraiment des visions très différentes du film, on s'est retrouvé un peu chacun avec sa propre vision du cinéma et du film." Concernant le tournage, Nobuhiro Suwa confie : "En phase de tournage, l'idée la plus simple, finalement, c'était que Hippolyte dirige au plus près les acteurs en français, et que moi je supervise plus l'ensemble des scènes."
Un des personnages principaux du film, outre les deux fillettes, est... une mystérieuse forêt. Hippolyte Girardot note : "La forêt, qui est dans le film le lieu du passage d'un monde à l'autre, est devenue pour nous aussi un lieu " magique " dans la fabrication du film. Dans la forêt, Suwa et moi étions seuls, sans repères. C'est ainsi que le moment de Yuki seule sur son rocher, prenant ex abrupto la décision d'avancer, fut improvisé en négligeant sans regrets des tas de raisons mises en place dans le scénario. Exactement ce qui arrive à Yuki." Nobuhiro Suwa précise : "Au début, on n'avait pas l'intention de tourner au Japon, ni dans une forêt. C'est arrivé au cours du processus, car il y avait beaucoup d'échanges entre la France et le Japon, et j'ai pris conscience que cette histoire avait une double appartenance. Alors, j'ai pensé que la forêt pouvait être un lieu de passage qui, par le biais du cinéma, devenait réel et exprimait notre démarche commune avec Hippolyte. Cette forêt représente aussi un lieu qui serait en dehors de la communauté sociale et familiale, un monde où iraient les enfants seules, sans l'influence de la famille."
Hippolyte Girardot et Nobuhiro Suwa se sont rencontrés à l'occasion du casting du précédent long métrage de celui-ci, Un Couple parfait. Le réalisateur cherchait en effet un acteur français pour le rôel principal, mais il a finalement choisi Eric Caravaca.