Fernand Melgar a pris sa caméra pour tourner La Forteresse en réaction à une loi, votée dans son pays en 2006. Il s'en souvient : "Le 24 septembre 2006, les résultats étaient sans appel : une large majorité de la population suisse avait dit oui aux « lex blocher » et voté pour un durcissement des lois sur l’asile et les étrangers. Le présentateur du téléjournal résumait les principaux changements : les déboutés de l’asile seront privés d'aide sociale, ceux qui voudraient rester risqueront deux ans de prison dès l’âge de 15 ans. Ou encore : toute personne demandant l’asile sans papiers d'identité sera refoulée dans les 48 heures ; (...) restrictions sur le regroupement familial (...) et sur le mariage entre Suisse et étranger". Face à ce vote qui a rencontré une large adhésion du peuple (68% de "oui"), il s'est intéressé à "un lieu hautement stratégique", un centre d’enregistrement et de procédure accueillant les demandeurs d'asile.
Le tournage de La Forteresse (de décembre 2007 à février 2008) a duré approximativement 60 jours, soit le temps d'attente maximal d'un requérant dans le centre de Vallorbe.
Avant d'obtenir les autorisations et de commencer à tourner, Fernand Melgar et deux de ses collaborateurs (l’ethnologue Alice Sala et le dramaturge Claude Muret) ont passé six mois dans le centre de Vallorbe, pour bien comprendre son fonctionnement et gagner la confiance des gens qui y cohabitent. Le réalisateur raconte : "On a servi des repas, fait du nettoyage, assisté à des auditions… Ce temps nous a permis de mûrir notre projet et de nouer une relation de confiance avec le personnel, qui au départ était assez méfiant."
La Forteresse est un documentaire unique. C'est en effet la première fois que l'Office fédéral des migrations (ODM) ouvre les portes de l’un de ses centres, sans aucune restriction ni censure. Une décision que regrettera la femme politique suisse Widmer-Schlumpf, Conseillère fédérale du pays.
La Forteresse a reçu le Léopard d’Or (compétition Cinéastes du Présent) au 62ème Festival du Film de Locarno. Le long métrage de Fernand Melgar a également gagné ou participé à plusieurs dizaines de festivals dans le monde (Florence, Montréal, Téhéran, Lucerne, Vienne...).
La sortie en France - en mars 2012 - de La Forteresse a été accompagnée le même jour par celle de Vol spécial, l'autre film de Fernand Melgar sur le sujet.