C'est en traversant les paysages verts et luxuriants du New Jersey que M. Night Shyamalan a eu l'idée de Phénomènes. Il se souvient : "Je rentrais à New York, c'était une journée magnifique et les arbres bordaient la route. Je me suis brusquement demandé ce qui se passerait si la nature se retournait contre nous. En un instant, j'avais toute la structure de l'histoire, les personnages s'imposaient d'eux-mêmes. J'en étais ravi parce que les films sont toujours meilleurs et plus accessibles quand c'est la structure qui prédomine. Avant même d'avoir écrit un mot du scénario, je savais que je voulais un style particulier pour ce film. J'avais envie de faire quelque chose d'électrique, d'acéré et de dynamique".
La première version du scénario était déjà intense, mais lorsque Twentieth Century Fox est arrivé sur le projet, le studio a suggéré que M. Night Shyamalan pouvait aller encore plus loin, en traitant son sujet comme pour un film " R-rated " (interdit aux enfants de moins de 17 ans non accompagnés d'un adulte) et tendre vers des extrêmes en termes de tension et de terreur. M. Night Shyamalan fut surpris mais excité par cette suggestion de s'aventurer là où il n'était jamais allé et par la possibilité de donner libre cours à son imagination sans se limiter: "C'était finalement la meilleure façon de traiter ce sujet, parce que c'est à la base une histoire qui parle de tabous. Si on avait fait L'Exorciste en visant une interdiction aux moins de 13 ans non accompagnés, cela n'aurait jamais donné le film culte que l'on connaît...". Le producteur Barry Mendel commente : "L'idée motrice de ce film a été de pousser plus loin ce que nous appelons "le genre Shyamalan". La Fox nous a dit qu'on devait retrousser nos manches et y aller à fond ! Sam Mercer, également producteur, ajoute : "Phénomènes porte à un niveau supérieur beaucoup des éléments surnaturels et émotionnels propres aux films de Shyamalan. Et ce film pose une question qui fait froid dans le dos : nous, les humains, sommes-nous allés trop loin ?
M. Night Shyamalan envisageait de créer une sorte de vision contemporaine biaisée des thrillers paranoïaques de l'époque de la guerre froide des années 50 et 60. Ces films divertissaient tout en jouant sur l'anxiété, créant un sentiment de catastrophe imminente qui vous tenait en haleine. Et sous des dehors de divertissement, ils remettaient aussi subtilement en cause la direction que prenait la société. Des corbeaux vengeurs de Alfred Hitchcock au Godzilla atomique, sans oublier les végétaux de L'Invasion des profanateurs de sepultures de Don Siegel, bien des classiques du suspense fonctionnaient comme des films d'horreur, tout en laissant les spectateurs s'interroger sur la possibilité d'un monde où la Terre continuerait à exister... mais sans les humains. M. Night Shyamalan souhaitait retrouver dans Phénomènes la même force directrice, ce sentiment permanent d'incertitude et de peur. Mais il a franchi un pas de plus en envisageant la forme de disparition du genre humain la plus difficile à imaginer. Il commente : "Ce qui est vraiment effrayant ici, c'est que les gens se mettent à agir d'une façon radicalement opposée à celle dont ils sont supposés se conduire. Un comportement inexplicable est toujours très perturbant, et il y a beaucoup de comportements tabous dans cette histoire. Qu'est-ce qui assure la survie de l'espèce ? L'instinct de rester loin de ce qui peut nous tuer, nous blesser ou nous nuire, l'instinct de protection de nous-mêmes et des nôtres. Mais que se passerait-il si cet instinct disparaissait ? Tout basculerait incroyablement vite..."
M. Night Shyamalan a aimé pouvoir s'éloigner de ce qui a fait sa réputation : des fins complètement inattendues et surprenantes. Il a envisagé dès le début l'histoire de Phénomènes comme se déroulant sur une période de 36 heures seulement, depuis les premiers symptômes du désastre jusqu'au point culminant de l'histoire, un paroxysme qui laisserait le spectateur le souffle coupé: "J'aimais l'idée de faire un film de fin du monde capable de surprendre le spectateur qui s'attend à une de ces fins dont j'ai le secret. Là, ce sera une autre forme de surprise ! Parfois, une histoire est simplement une histoire... Dans le cas de Phénomènes, c'est celle d'une famille qui s'efforce de survivre et d'apprendre à s'aimer les uns les autres, et c'est ce thème qui m'a le plus attiré. Mon objectif est toujours de faire un film qui ne vous laisse pas une seconde de répit, où vous devenez paranoïaque à propos de ce qui se passe dans le monde, à propos de choses auxquelles vous n'aviez pas vraiment réfléchi jusque-là..."
Pour jouer Elliot, M. Night Shyamalan a toujours songé à Mark Wahlberg. Malgré la diversité de son registre, le personnage d'Elliot était pour lui une nouveauté : un professeur calme, un homme sensible poussé dans ses derniers retranchements par des événements inexplicables en l'espace de quelques heures. M. Night Shyamalan était cependant convaincu que ce rôle serait parfait pour Wahlberg. Il explique : "Je connais Mark et je l'ai toujours vu ainsi, humainement parlant. Je ne connais pas ce petit dur de Boston d'autrefois, celui qui a été mêlé à des bagarres. C'est du passé, l'homme que je connais est différent. Je l'ai vu être ce genre de personne sensible à travers des petits moments de ses films précédents, par exemple dans la scène des Les Rois du désert où il appelle sa femme alors qu'il est en Iraq. Je l'ai adoré et j'avais envie de le voir ainsi dans tout un film". Mark Wahlberg, quant à lui, confie : "J'étais très heureux de pouvoir travailler avec M. Night Shyamalan. Il a fait tourner mon frère et Joaquin Phoenix et je les enviais tous les deux d'avoir eu cette chance ! Quand il m'a dit qu'il pensait à moi pour ce rôle, j'étais fou de joie ! Pourtant, aussi séduisante soit cette histoire, je savais que le rôle d'Elliot serait l'un des plus difficiles de ma carrière. J'aime les défis, mais c'était de loin le plus costaud qu'on m'ait posé ! Night était convaincu que je pouvais être cet homme innocent, mais je ne suis définitivement pas aussi innocent que ça. J'ai eu quelques soucis avec la justice, j'ai eu mon lot de problèmes, mais je crois que Night a vu que mes intentions étaient toujours bonnes. Il m'a cependant fallu étudier en profondeur ce personnage, et une grande partie de la manière dont je l'interprète est née de nos discussions avec Night et du temps que j'ai passé avec lui".