C'est en retournant 10 ans après la fin du génocide rwandais dans la capitale Kigali, que Jean-Christophe Klotz décide de réaliser un documentaire. Ayant apporté dans ses bagages des images tournées en 1994, dans le but de les montrer aux habitants du quartier de la paroisse du Père Blanchard, il espèrait ainsi y retrouver au moins un survivant afin de comprendre les évènements passés : "En faisant ce film, je voulais proposer une métaphore de notre rapport au monde, fantasmé et désincarné, qui passe par ce filtre télévisuel biaisé. (...) J'ai raconté cette histoire de l'intérieur, du point de vue du témoin, ce papillon face à la flamme : trop près de la réalité, on se brûle. Trop loin, on reste irrémédiablement extérieur."
Après ces expériences au Rwanda Jean-Christophe Klotz a vu le regard qu'il portait sur son métier de journaliste-reporter changer : "Ce dont je parle dans Kigali, c'est la comment la noble cause du reporter se heurte à la pratique où trop souvent, soit on ne sert à rien, soit, au pire, on contribue à fabriquer des leurres."
Dans Kigali, des images contre un massacre, les différents témoins sont des hommes et des femmes que le réalisateur a rencontrés sur place durant le génocide en 1994 : "C'est fondamental qu'il y ait des témoins. Si on n'arrive pas à arrêter un événement, on peut au moins le raconter. Ce qui a été dit sur le Rwanda, même à posteriori, était indispensable." Le réalisateur a ainsi permis à des rescapés du massacre de la paroisse de se retrouver : "Alors que nous regardions mes rushes de 1994 pour retrouver des images de cette famille, un jeune garçon s'est joint à nous. On lui avait toujours dit qu'il était l'un des deux seuls survivants du massacre. Son regard, sombre, s'est peu à peu éclairé lorsqu'il a compris que dans le petit groupe qui s'était formé autour de nous, d'autres survivants étaient là"
Parallèlement à Kigali, des images contre un massacre, Jean-Christophe Klotz s'est attelé à la réalisation de son premier long-métrage de fiction, Les Zones Turquoises. S'inspirant de la même expérience qui a donné naissance à son documentaire, ce projet lancé simultanément suit un jeune journaliste qui petit à petit perd pied face à la réalité des massacres : "Il s'agit en fait d'un seul projet, qui a deux versants, explique le réalisateur. Il est né de cette impossibilité que j'ai ressentie au Rwanda – que j'évoque dans le documentaire – à décrire le monde de manière frontale, journalistique. De cette impossibilité naît ce besoin de cinéma."
Ce n'est pas la première fois que le thème du génocide rwandais est abordé au cinéma. Shooting Dogs de Michael Caton-Jones sorti sur les écrans français en mars 2006 ainsi qu'Hotel Rwanda de Terry George sorti un an plus tôt avaient déjà évoqué la guerre à travers des fictions se rapportant à des histoires vraies
Kigali, des images contre un massacre a été présenté à Cannes en mai 2006 dans le cadre de la 45e Semaine Internationale de la Critique.