L'histoire de Bienvenue en Afrique est inspirée de l'affaire Marcus Omofuma qui provoqua une vive émotion en Autriche en 1999. Débouté du droit d'asile, Marcus Omofuma, un jeune Nigérian de 25 ans fut expulsé du territoire. Il décèda lors de son transfert en avion après avoir subi de mauvais traitements de la part des policiers qui l'accompagnaient. A l'issue du procès qui se déroula en 2002, les deux policiers furent condamnés à huit mois d'emprisonnement avec sursis et furent autorisés à continuer à exercer leurs fonctions, une décision jugée trop clémente qui fit l'objet de nombreuses critiques.
Président d'une association anti-raciste en Autriche, Andreas Gruber explique ce qui l'a poussé à tourner Bienvenue en Afrique : "Depuis que le parti d'extrême droite est arrivé au gouvernement en Autriche grâce à une coalition avec les conservateurs, la police bénéficie d'une sorte d'impunité. Les enquêtes sur les violences et les comportements racistes de notre police ont été sensiblement ralenties et donnent lieu régulièrement à des relaxes ou des condamnations mineures. A cette même époque, un rapport d'Amnesty International a accusé la police autrichienne d'abus de pouvoirs et de comportements violents sur les étrangers, bafouant régulièrement les droits de l'homme. (....) Et c'est précisément à cause de la gravité de ces violences policières et de ce contexte politique que j'ai souhaité réagir à ma façon et exprimer mon désarroi profond en faisant ce film."
Avant de se lancer dans le tournage de son film, le réalisateur Andreas Gruber a passé plus de deux années à étudier le cadre légal qui accompagne les expulsions. Spécialisé à l'origine dans le documentaire, il se rend régulièrement sur le continent africain depuis plus de vingt ans. Il a ainsi mis son à profit son expérience pour partir à la rencontre des institutions, associations, réfugiés, policiers et avocats afin d'appréhender au mieux toute la procédure.
Le réalisateur explique son choix de traiter le sujet des expulsions sur le ton de la comédie : "C'est à mon avis la meilleure arme pour toucher la conscience des spectateurs, affirme Andreas Gruber, surtout dans un contexte tendu. Ne jamais perdre le lien avec la dure réalité sans pour autant plomber le spectateur, voilà quel a été le défi de ce film et le juste équilibre à trouver ! Compte tenu de la montée de l'extrémisme et de la xénophobie dans mon pays, j'ai souhaité employer un ton plus léger pour sensibiliser en particulier le jeune public et ouvrir, grâce au film, débats et réflexions dans les écoles sur ces thèmes essentiels pour le présent et l'avenir de nos sociétés.
Bienvenue en Afrique a principalement été tourné à Accra, la capitale du Ghana : " Ce que je retiens de cette expérience, raconte Andreas Gruber : une rencontre avec une population généreuse, démonstrative, souriante, curieuse de l'autre. C'est ce qui caractérise pour moi le plus l'Afrique, au-delà des grands espaces. Et c'est ce bouillonnement de vie, de rires et d'énergie que j'ai essayé de retranscrire dans les scènes africaines du film."