Vingt-six ans après la mort étrange d'une élève, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara fait la connaissance d'une camarade très mystérieuse à laquelle aucun autre élève ne semble parler ou prêter attention.
Son plat préféré ? Les ramen. Son arme fétiche ? Le Pistolet Spirituel. Un ado rebelle doit apprendre à manier ses nouveaux pouvoirs pour sauver les siens.
La seule façon de gagner le "Tomodachi Game", c’est de ne jamais douter de ses proches. Vont-ils se faire confiance ou se trahir entre-eux ? La véritable nature de l’homme est exposée dans ce jeu psychologique !
Au 21e siècle, alors que leur existence avait toujours été cachée, surgissent de l'ombre des animaux anthropomorphiques. Michiru, une jeune humaine, se transforme un jour en tanuki : choquée par sa nouvelle forme, elle se réfugie à Anima City. Là, elle fait la rencontre de Shirou, un homme-loup qui dit détester les humains.
Gudetama est un œuf qui sait que, tôt ou tard, il sera mangé par un humain. Cependant, le courant de sa courte existence va être dérangé par une petite fille, Shakipiyo, qui lui fait un jour quitter le réfrigérateur dans lequel il se reposait...
Cinq femmes aussi sublimes que mystérieuses emménagent avec Shin, un romancier raté, qui gère leur curieuse maisonnée en échange d'une coquette somme mensuelle.
Alors qu'il traverse un cimetière pour prendre un raccourci, le jeune lycéen Oyamada Manta découvre qu'il a la faculté de voir et d'entendre les fantômes qui n'ont pas encore rejoint l'au-delà. Sa surprise ne s'arrête pas là, puisqu'il fait à cette occasion, la connaissance de Asakura Yoh, un autre jeune garçon à l'allure nonchalante qui se révèle être un Shaman.