En 1972, dans l'établissement de Yomiyama au Japon, une jeune nommée Yomiyama Misaki meurt dans un accident mystérieux. Ses camarades de la classe 3-3, très attristés et ne voulant pas y croire, décident de faire comme si elle était encore en vie jusqu'à la fin de l'année, lors de la remise des diplômes. Vingt-six ans après le drame, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara fait la connaissance d'une élève très discrète et mystérieuse, Misaki Mei à laquelle aucun autre élève ne semble parler ou prêter attention.