Trois jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés. Pour se faire, ils possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses. Malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.
Tohru Honda, en seconde, vient de perdre sa mère. Elle fait la connaissance de Shigure Sôma, le cousin de Yûki Sôma, le "prince" du lycée. Les deux hommes lui proposent de l'héberger. Tohru accepte, sans savoir que ses nouveaux colocataires sont victimes d'une malédiction. En effet, dans la famille Sôma, 13 membres sont possédés par l'esprit d'un animal du zodiaque chinois.
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Ikeuchi aya, jeune étudiante de 15 ans passionnée de basket est atteinte d'une maladie incurable. Une maladie qui va progressivement l'empêcher de marcher, de parler, de manger.
Le jeune Comte Ciel Phantomhive, un aristocrate anglais du XIXe siècle, âgé de 12 ans et ayant perdu ses parents dans un mystérieux incendie, se voit devenir l'héritier de l'entreprise de jouet et friandises Phantom.
Juin 1983. Keiichi Maebara vient emménager et lieravec quatre de ses camarades de classe qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence à se détériorer quand Keiichi apprend qu'un meurtre horrible a été commis quatre ans auparavant.
Alors qu'il traverse un cimetière pour prendre un raccourci, le jeune lycéen Oyamada Manta découvre qu'il a la faculté de voir et d'entendre les fantômes qui n'ont pas encore rejoint l'au-delà. Sa surprise ne s'arrête pas là, puisqu'il fait à cette occasion, la connaissance de Asakura Yoh, un autre jeune garçon à l'allure nonchalante qui se révèle être un Shaman.