Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
A Tokyo, les gangs font la loi. Dans le quartier de Shibuya, le clan de Saru règne en maître... Tandis que les règlements de comptes se font de plus en plus impitoyables, la ville va sombrer dans le chaos...