Le monde est ravagé par une terrible maladie. Les enfants de moins de 13 ans étant, pour une raison inconnue, immunisés contre le virus, ont survécu. Mais ces derniers ont été réduits en esclavage par des vampires qui sont tout à coup sortis des profondeurs de la Terre. Yûichirô Hyakuya et Mikael Hyakuya, deux orphelins, servent de « garde-manger » aux vampires. Après une tentative d'évasion qui se solde par un massacre de ses amis, Yûichirô réussit à s'échapper. Arrivé à la surface, il apprend que l'Humanité n'est pas entièrement décimée.