Né à Los Angeles, Jonathan Dekel a grandi dans un village agricole en Israël. Il fait son lycée en Californie avant d’effectuer son service militaire en tant que médecin militaire dans une unité spéciale en Israël. Plus attiré par le cinéma que par l’armée, il réalise de nombreux courts métrages et documentaires pendant son service. Il intègre ensuite l’école de cinéma Sam Spiegel, à Jérusalem, où il se spécialise dans l'écriture de scénarios et la réalisation. Il a réalisé de nombreux documentaires et courts métrages de fiction et vient d’achever l’écriture d’un premier long métrage.