Fils d'un journaliste et d'une professeur d'Histoire, Goran Paskaljevic abandonne des études d'architecture pour partir à Prague en 1967 et entrer à la FAMU. Il revient en Yougoslavie et réalise entre 1969 et 1974 une quarantaine de courts métrages puis travaille pour la télévision nationale.

Dès son premier long-métrage, Un Gardien de plage en hiver (1976), le réalisateur obtient le grand prix de la Berlinale. Par la suite ses films seront presque tous sélectionnés dans des Festivals internationaux. Goran Paskaljevic produit une oeuvre qui tranche avec le réalisme socialiste de ses confrères serbes, tout en s'attachant à suivre l'itinéraire de gens simples. La consécration vient avec Hollywood lorsque la MGM l'engage pour réaliser Twilight time. Mais ce film reste un très mauvais souvenir pour le cinéaste: il dit avoir "perdu son âme" à Hollywood.

Opposé aux nationalistes, il quitte la Yougoslavie fin 1992. En 1994 il s'installe à Paris mais laisse une partie de sa famille à Belgrade. Il retrouve son pays en 1998 à l'occasion du tournage de Baril de poudre saluée par la critique à Cannes mais peu apprécié par les autorités serbes. Il est alors forcé de s'exiler à nouveau en France. Il tourne en Irlande Mon cher ennemi en 2000 avant de revenir dans son pays après la chute de Milosevic.