Mike Flanagan est né à Salem, Massachusetts en 1978. Il s'intéresse très vite à la réalisation et à l'image, produisant du contenu vidéo durant sa scolarité. Le jeune Mike a même présenté l'émission télé matinale de son lycée de Severn, Maryland.
Le futur cinéaste intègre ensuite la Towson University où il suis un cursus médias et cinéma. En 2000, à seulement 21 ans, Mike met en scène son premier long-métrage, Makebelieve. Dans ce film, le réalisateur raconte les amours de 4 étudiants développant le spectacle Roméo et Juliette. L'artiste en fera une suite un an plus tard, Still Life.
Dès 2003, avec Mike Ghosts of Hamilton Street, il s'intéresse à ce qui deviendra son genre fétiche, l'épouvante-horreur. Ce film suit un écrivain questionnant sa santé mentale au fur et à mesure que ses proches disparaissent sans laisser de traces.
C'est en 2011 que Mike Flanagan sort de l'ombre avec Absentia. Nous y suivons Trica, dont le mari a brutalement disparu. Après de nombreuses recherches, il est déclaré mort. Callie, la petite sœur de Tricia, vient vivre avec elle. Après une promenade, Callie trouve un tunnel à côté de la maison. Elle s'y perd et découvre que ce mystérieux tunnel fait lien avec la disparition de Daniel.
Deux ans plus tard, Flanagan continue son exploration du genre horreur avec The Mirror. Dans ce film, Tim, 21 ans, retrouve la liberté après avoir passé 10 ans en institut psychiatrique. Alors qu’il souhaite tirer un trait sur la mort violente de ses parents, l’événement à la source de son internement, sa soeur, Kaylie lui rappelle qu’ils s’étaient autrefois promis d’enquêter sur les causes mystérieuses de ce drame. Elle achète alors le miroir qui aurait précipité leurs parents dans une démence diabolique.
Avec ce nouveau long-métrage très remarqué, Flanagan commence à vraiment se faire un nom dans le milieu du cinéma horrifique. En 2016, il réalise Pas un bruit. Le concept du film est intrigant : une écrivain sourde et muette se retrouve séquestrée dans son chalet par un tueur aussi sadique que déterminé. Le réalisateur démontre sa maîtrise dans la mise en place d'une ambiance malsaine, sans jouer sur des effets faciles commes les jump-scares.
Mike réalise ensuite Ouija : les origines, prequel du film d'horreur Ouija. En 2017, le cinéaste se confronte à une adaptation du maître de l'horreur en personne, Stephen King. Pour Netflix, il met en scène Jessie, l'histoire d'une jeune femme menottée au lit d'un chalet isolé après un jeu coquin qui a ma tourné. Elle affronte alors d'étranges visions, de sombres secrets et un terrible dilemme. La même année, le natif de Salem réalise Ne t'endors pas, toujours pour Netflix. Le récit suit un jeune couple qui adopte un petit garçon orphelin. Les rêves et cauchemars de l'enfant prennent vie chaque nuit, lorsqu'il dort.
Le réalisateur continue ensuite sa collaboration avec la célèbre plate-forme avec la création de la série horrifique The Haunting of Hill House, qui rencontre un grand succès. Toutes ces expériences amènent Mike à se voir offrir la mise en scène de Doctor Sleep, suite de Shining. L'histoire suit Danny Torrance adulte, encore profondément marqué par le traumatisme qu'il a vécu, enfant, à l'Overlook Hotel. Il reviendra ensuite sur le petit écran avec The Haunting of Bly Manor. Nous y suivrons une gouvernante engagée pour veiller sur deux orphelins vivant dans un manoir isolé en pleine campagne. Peu à peu, d'effrayantes apparitions viennent la hanter.